중소기업의 절세 전략 중 가장 효과적이면서 비교적 쉽게 실행이 가능한 부분이 바로 기업부설연구소 또는 전담부서 설립을 통한 '연구인력개발비에 대한 세액공제'일 것이다.
국가가 기업의 경쟁력 강화를 위해 연구개발비로 지출한 비용에 대하여 조세특례제한법 제10조에 의하여 세액공제를 받을 수 있게 해주고 있으나 과세당국은 기업이 연구인력개발비로 세액공제 받는 내용에 대하여 정당성 여부를 서면으로 검토하거나 세무조사 시에는 반드시 해당 내용을 중점 점검하여 적법한 공제가 아닌 것으로 판단되는 경우 세금을 추징당하게 된다.
예를 들어, 연구원의 급여를 200만 원 지급하였다면 법인세 손금효과 약 44만 원과 세액공제효과 약 50만 원의 혜택을 받게 되어, 총 94만 원의 혜택을 받게 된다. 즉 실제 부담하는 급여는 약 절반 수준이 될 수도 있을 정도로 절세효과는 아주 크다. 연구원의 수가 상당한 기업의 경우에는 많은 순이익에도 불구하고 법인세를 거의 납부하지 않거나 심한 경우 십 수년간 한 푼도 내지 않은 경우도 있다
이렇게 연구원 수가 상당하고 수년간 혜택을 받았다면 최소 수억 또는 수십억 원의 혜택을 받게 되는데, 향후 몇 년 뒤 혜택 받은 금액 전액과 가산금까지 추징 당하게 되면 기업에는 상당한 타격이 될 수 있다.
특히 실제 연구개발의 목적이 아닌 세금 절세에 대한 목적으로 기업부설연구소를 설립한 경우라면 당연히 연구개발 및 연구실적 등이 없을 것이다.
또한 연구요원이 전담부서 또는 연구원이 아닌 곳으로 이동하여 연구를 하는 경우, 연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 못한 경우(연구소 인증을 받고 다른 용도로 사용 등), 연구소에 사용하는 컴퓨터 및 소프트웨어 등 구입비용을 연구비용으로 처리, 연구개발과정에서 시제품 제작하는데 사용하는 금형 비용 등의 비용을 연구비용으로 처리 하는 등 세금 추징이 되는 여러 사례들을 검토해야 한다.
기업부설연구소 또는 전담부서를 운영 중인 기업이라면 지금이라도 전문가의 점검을 꼭 받아야 하고, 기업부설연구소 또는 전담부서를 활용 예정인 기업 또한 전문가의 자문을 받아 실행해야 향후 세금추징으로 인한 피해를 방지할 수 있다.
