공통매입세액 안분계산 적용·해석상 문제점(상)-2

 3. 부가가치세법시행령 제61조의 2(정산)

사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (1995. 12. 30. 개정)

1) 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

2) 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

4. 예정신고기간에는 공급가액이 발생하지 않고 과세기간 최종 3월에만 공급가액이 발생한 경우 당해 과세기간의 공통매입세액 안분계산방법

상기에서와 같이 부가가치세법시행령 제61조 제1항에서는 원칙적인 공통매입세액의 안분기준에 해당되는 공급가액 비율에 의한 안분계산방법에 대하여 규정하고 있고, 동조 제4항 및 제6항에서는 '당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우'라고 하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항 규정에 의한 원칙적인 안분계산방법을 적용할 수 없을 때의 안분계산방법에 대하여 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제61조의 2 규정에서는 부가가치세법시행령 제61조 제4항 및 제6항 규정에 의하여 안분 계산한 이후 과세 및 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 시점에서의 공통매입세액의 정산에 관하여 규정하고 있습니다.

당해 예정신고기간 및 과세기간 최종 3월에 과․면세사업의 공급가액이 각각 발생되어 원칙적인 안분기준인 부가가치세법시행령 제61조 제1항에 의한 공급가액 비율을 적용하는 경우 예정신고 당시에는 예정신고기간의 공급가액 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고하는 때에 당해 과세기간의 공급가액 비율에 의해 안분 계산하는 것입니다.

그러나 예정신고기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없어 예정신고 당시에는 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제1호 내지 제3호에서 규정된 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 및 예정사용면적의 비율 순으로 안분 계산하였으나, 과세기간 최종 3월에는 과세사업과 면세사업 모두 공급가액이 발생되었다면 당해 과세기간의 부가가치세 확정신고시 부가가치세법시행령 제61조의 2 규정을 적용하여 예정신고분을 정산하는 것이 아니라 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 발생된 것으로 보아 원칙적인 안분기준인 부가가치세법시행령 제61조 제1항 규정에 의거 당해 과세기간의 공급가액의 비율에 따라 안분 계산합니다.

이에 따라 당해 주택 및 상가 신축현장의 경우 당해 예정신고기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없어 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서규정을 적용하여 예정사용면적의 비율로 안분 계산한 이후 과세기간 최종 3월에는 과세사업과 면세사업 모두 공급가액이 발생되었다면 비록 예정신고기간에 예정사용면적 비율에 의하여 안분계산하였더라도 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 규정에 의하여 안분계산 하였습니다. 이와 같이 예정신고기간 및 과세기간 최종 3월 중 공급가액 발생 여부에 따라 동일한 과세기간 내에서도 예정신고 및 확정신고 당시 서로 다른 안분기준을 적용될 수 있습니다.