공통매입세액 안분계산 적용·해석상 문제점(상)-1

건설업을 영위하는 사업자가 도급 및 판매목적으로 주택(국민주택규모이하 및 초과분 모두 포함)과 상가 등을 신축하는 현장에서 과세사업(국민주택규모 초과 주택 및 상가)과 면세사업(국민주택규모 이하 주택)에 공통으로 사용함에 따라 실지귀속이 불분명한 공통매입세액에 대해서는 부가가치세법 시행령 제61조 및 제61조의 2 규정에 의하여 안분 계산을 해야 합니다. 그러나 당해 공통매입세액 안분계산에 대하여 그 구체적인 적용 및 해석을 둘러싸고 과세관청과 납세자간 조세마찰이 자주 발생하고 있습니다.

이에 따라 부가가치세법상 공통매입세액의 안분계산 및 정산과 관련해서 다음과 같은 주제에 대하여 살펴보도록 하겠습니다.

① 부가가치세법시행령 제61조 규정에 의한 공통매입세액 안분계산에 대한 구체적인 적용 및 해석상 문제점(1)

② 부가가치세법시행령 제61조 규정에 의한 공통매입세액 안분계산에 대한 구체적인 적용 및 해석상 문제점(2)

③ 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서에서 규정된 '건물을 신축 또는 취득하여'에 대한 해석상 논란

④ 부가가치세법시행령 제61조의 2 규정에 의한 공통매입세액 정산에 대한 구체적인 적용 및 해석상 문제점

1. 부가가치세법 시행령 제61조 제1항(원칙적인 안분기준)

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영함에 따라 발생하게 되는 매입세액에 대해서는 그 실지귀속에 따라 매출세액에서 이를 공제하거나 면세사업 관련 매입세액으로 불공제하는 것이 원칙입니다.

다만, 부가가치세법시행령 제61조 제1항에서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액인 공통매입세액에 대한 안분 방법에 대하여 아래와 같이 규정하고 있습니다.  

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 '공통매입세액'이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.

다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31. 단서신설)

2. 부가가치세법시행령 제61조 제4항 및 제6항(보완적인 안분기준)

(1) 시행령 제61조 제4항
제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (1995. 12. 30. 단서신설)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(2) 시행령 제61조 제6항(2010.12.30. 신설, 2011.1.1. 시행)
제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.