정부에서는 중소기업의 재무개선 및 구조조정을 지원하기 위해서 몇 가지 제도를 두고 있는데 그 중 대표적인 것이 중소기업의 통합에 대한 양도소득세 이월과세와 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세이다. 중소기업의 통합에 대한 양도소득세 이월과세 제도의 지원대상은 소비성 서비스업을 제외한 중소기업 간의 통합으로 소멸되는 중소기업 및 통합법인을 대상으로 한다.
소비성 서비스업을 제외한 사업을 하는 중소기업 간에 다음의 요건을 모두 충족한 경우의 통합을 지원요건으로 하는데 첫 번째 요건은 통합으로 소멸되는 사업장의 사업주가 통합법인의 주주이며 통합법인이 소멸하는 사업장의 주된 자산을 모두 승계하고 사업의 동일성을 유지해야 한다는 것이고 두 번째 요건은 통합으로 소멸되는 사업장의 사업주가 통합으로 취득하는 주식의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 한다는 것이며, 세 번째 요건은 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 국세기본법상 과점주주의 사업을 승계하는 통합이 아니어야 한다는 것이다.
중소기업의 통합에 대한 양도소득세 이월과세 제도의 지원내용은 첫째 소멸되는 사업장에서 사용되던 사업용 고정자산에 대해서 이월과세를 적용하며, 둘째 감면기간이 지나기 전에 통합하는 경우에는 통합법인은 남은 감면기간에 대한 세액감면이 적용되고, 셋째 통합법인은 소멸되는 중소기업의 미공제세액의 승계가 가능하며, 넷째 중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 통합법인이 2018년 12월 31일까지 양수한 해당 사업용 자산에 대해서 취득세가 면제된다는 것이다.
그러나 다음의 사유 발생 시에는 이월과세된 양도소득세가 추징이 되는데 첫째, 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계 받은 사업을 5년 이내에 폐지하는 경우로 승계 받은 사업용 고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우가 이에 해당된다. 둘째, 통합으로 취득한 통합법인의 주식을 5년 이내에 50% 이상 처분하는 경우로 주식의 처분은 유상이전, 무상이전, 유상감자, 무상감자를 포함한다.
정부에서 중소기업의 재무개선 및 구조조정을 지원하기 위해서 마련한 대표적인 제도 두번째는 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세인데 소비성서비스업 이외의 업종으로 법인전환한 소멸기업 및 전환법인을 그 지원대상으로 하며 지원요건은 설립시에 현물출자를 하거나 설립 후 3개월 이내에 사업양수도를 해야 하며 신설법인의 자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 한다는 점이다.
지원내용은 첫째, 소멸되는 사업장에서 사용하던 사업용 고정자산에 대해서 이월과세가 적용되며 둘째, 개인기업의 법인전환으로 설립된 신설법인은 소멸되는 개인 중소기업의 세액감면 및 잔존감면기간의 승계가 가능하고 셋째, 미공제세액이 있는 거주자가 법인으로 전환하는 경우 신설법인은 거주자의 미공제세액을 승계하며 넷째, 신설법인이 현물출자 또는 사업 양도･양수에 따라 2018년 12월 31일까지 취득하는 사업용자산의 취득세가 면제된다는 점이다.
그러나 다음의 사유 발생 시에는 이월과세된 양도소득세가 추징이 되는데 첫째 법인전환 후 5년 이내에 거주자로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우 둘째, 법인전환으로 취득한 주식을 5년 이내에 50% 이상 처분하는 경우 셋째, 취득일부터 2년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해당자산을 처분(임대포함)하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징 당한다.
