정부출연금 수령 시 세금계산서 교부해야 하나?

중소벤처기업을 상담하다 보면 중소벤처기업의 특성상 기술력은 있으나 자금적인 측면에서 정부기관(중소기업청, 지식경제부, 정부출연연구기관) 등으로부터 정부출연금(국고보조금)을 지원받는 경우가 많음을 알 수 있다.

이러한 정부출연금을 수령받은 벤처기업은 정부기관에게 세금계산서를 교부하여야 하는 것일까?에 대한 상담을 필자는 자주 받는바 이에 대한 국세청의 행정해석을 소개하고자 한다.

<사례1>
Q: 연구개발용역을 수행하는 벤처기업(A)이 정부출연연구기관(B)으로부터 정부출연금을 받아 위탁연구과제를 수행하고 동 연구개발로 인한 결과물에 대한 지적재산권을 정부출연연구기관(B)에 귀속시키는 경우 정부출연금을 받은 벤처기업(A)이 정부출연연구기관(B)에 세금계산서를 교부하여야 하나요?

A: 사업자(A)가 정부출연금을 정부기관(B)으로부터 지급받고 협약에 따라 연구 과제를 수행하고 당해 연구과제 수행에 따른 모든 연구결과물 및 지적재산권 등을 정부기관(B)에 이전하는 경우 사업자(A)가 당해 기관(B)으로부터 지급받은 대가는 연구용역의 개발에 대한 댓가로 받은 금액이므로  동 연구용역이 부가가치세법상 과세대상 용역인 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이므로 세금계산서를 교부하여야 한다(부가-2554, 2008.08.13.참조).

* 필자주: 이 경우 당해 연구용역이 실무적으로 부가가치세법상 면세대상 연구용역에 해당하는 경우에는 면세계산서를 발급하여야 함에 유의하여야 한다.

<사례2>
Q: 연구개발용역을 수행하는 벤처기업(A)이 정부출연연구기관(B)으로부터 정부출연금을 받아 위탁연구과제를 수행하고 동 연구개발로 인한 결과물에 대한 지적재산권을 정부출연연구기관(B)에 귀속시키지 아니하고 당해 법인(A)이 소유하는 경우 정부출연금을 받은 벤처기업(A)이 정부출연연구기관(B)에게 세금계산서를 교부하여야 하나요?

A: 사업자(A)가 정부기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부기관(B)으로부터 국가연구개발출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권등을 당해 사업자(A)에게 귀속시키는 경우에는 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세의 과세표준에서 제외되므로 세금계산서를 교부하면 아니된다(서면3팀-2580, 2006.10.27. 참조).

* 필자주: 이 경우 사업자(A)가 정부기관(B)으로부터 수령한 정부출연금은 정부기관(B)에 대한 연구과제수행에 따른 댓가로 받은 것이 아니므로 세금계산서 및 면세계산서를 발급하여서는 아니된다. 

[교육안내]

구분경리에 따른 비영리법인의 세무회계처리와 세무조사대책
2011년 8월 17(수)~18(목) 13:00~18:00 (2일 총 10시간)
 
장소 : 조세일보 재무교육원 을지로교육장(클릭)