◆…(이미지: 클립아트코리아 제공)
A법인은 부가가치세 과세대상(고속철도 여객운송, 화물운송사업) 및 면세대상(일반·광역철도 여A법인은 부가가치세 과세 대상(고속철도 여객운송, 화물운송사업)과 면세 대상(일반·광역철도 여객운송) 사업을 함께 운영하고 있다. 이 법인은 철도산업발전기본법 제32조에 따라 국토교통부 장관과 공익서비스(노인·장애인 운임 감면, 벽지노선 운영 등) 비용 보상 계약을 체결하고, 국토부로부터 2019년 제1·2기분 보상금(이하 쟁점보상금)을 지급받았다.
이후 A법인은 공통매입세액 불공제분(공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액)을 산정할 때, 안분산식의 분자와 분모 모두에 쟁점보상금을 포함해 2019년 제1·2기분 부가가치세를 신고·납부했다.
그러나 4년이 지난 어느 날, A법인은 쟁점보상금이 국고보조금에 해당하며, 부가세 과세표준에서 제외되는 것이 타당하다고 판단했다. 이에 따라 A법인은 공통매입세액 안분산식에서 분자(면세공급가액)와 분모(총공급가액) 모두에서 쟁점보상금을 제외해 불공제액을 산정해야 한다는 취지로, 이미 납부했던 2019년 제1·2기분 부가가치세의 환급을 요청하며 경정청구를 제출했다.
하지만 국세청은 이를 거부했고, 이에 불복한 A법인은 올해 9월 조세심판원에 심판청구를 제기했다.
A법인은 쟁점보상금이 재정상 원조를 목적 국고보조금에 해당해 부가세 과세표준에서 제외해야 한다고 주장했다.
A법인은 "대법원이 이 건과 동일한 사안에 대해 '공익서비스보상액'은 국가로부터 지급받는 것으로 용역 공급에 대한 반대급부로서 대가가 아닌 재정상 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당해 부가세 과세표준에서 제외됨이 타당해, 비과세사업에 관한 용역 공급대가로 볼 수 없다고 판단했다(대법원 2017두55329)"라며 "이 건 공통매입세액 안분계산 시 쟁점보상금은 분자와 분모에서 모두 제외해야 한다"고 설명했다.
반면 국세청은 대가성 여부와 관계없이 국고보조금은 '면세공급가액'과 동일하게 취급해 공통매입세액 안분계산에 포함돼야 한다고 응수했다.
국세청은 "정부는 2018년 부가세법 시행령 제81조를 개정해 국고보조사업 등의 공통매입세액 안분규정을 합리화하면서 공통매입세액 안분계산 시 공급가액에 포함되지 않는 국고보조금 등이 면세공급가액에 포함된다고 명시적으로 규정했다"고 말했다.
이어 "쟁점보상금이 비과세사업 용역 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금이라는 대법원의 종전 판단에도 불구하고, 그 이후 개정된 부가세법 시행령 제81조에 따라 쟁점보상금은 공통매입세액 안분계산 시 포함해 계산하는 게 맞다"고 설명했다.
양측의 의견과 사실관계를 살핀 조세심판원은 국세청의 손을 들어줬다. 대법원의 판결 이후 개정된 부가세 시행령을 따라야 한다는 이유에서다.
조세심판원은 "2018년 2월 개정된 부가세법 시행령 제81조 제1항(이하 부가세 개정령)은 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우 귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우, 면세사업에 관련된 매입세액은 안분해 계산한다고 규정하고 있고, 단서규정에서 면세공급가액의 범위와 관련해 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액을 포함한다고 규정하고 있다"고 말했다.
이어 "쟁점보상금은 공익서비스 비용 보상계약에 따라 철도이용자에 대한 용역 공급으로 인해 발생하는 비용을 보상받기 위해 수행자인 A법인이 용역 공급에 대한 대가가 아닌 재정상 원조를 목적으로 받는 시설·운영자금으로서 부가세 과세표준에서 제외되는 국고보조금 등과 유사하다(대법원 2017두55329)"고 언급했다.
그러면서 심판원은 "쟁점보상금은 부가세 개정령에 따라 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액의 범위에 포함돼, A법인의 2019년 제1·2기분 부가세 환급 청구를 거부한 국세청의 결정은 잘못이 없다"고 판단했다.
[참고 심판례 : 조심2024전5389]
