◆…(이미지: 클립아트코리아 제공)
강원도 춘천시에서 개업한 A법인은 빵류제조업을 영위하며, 지난 2021년 농업경영체로 등록해 농업회사법인이 됐다. 그해 사업연도 감자빵 제조·판매 소득에 대해 조세특례제한법(조특법) 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)에 따라 작물재배업 외의 소득으로 해 50%의 세액감면을 적용해 법인세를 신고·납부했다.
한편 중부지방국세청 감사관실은 지난해 처분청에 대한 종합감사 실시결과, A법인의 소득은 빵 제조 및 제과점업에서 발생한 소득으로 보고, 기존에 A법인이 신고한 감면세액을 부인해 다시 과세하라고 지시했다. 이에 처분청은 A법인에 대해 감면세액을 부인해 작년 말 2021사업연도 법인세를 경정·고지했다. 이를 인정할 수 없었던 A법인은 올해 2월 조세심판원에 심판청구를 제기했다.
A법인은 자신들의 소득이 법인세 50% 감면대상인 농업회사법인의 작물재배업 외의 소득에 해당한다고 주장했다.
A법인은 "조특법 제68조 제1항 및 같은 법 시행령 제65조 2항은 농업회사법인 소득을 작물재배업 소득과 그 외 소득으로 구분하면서 식량작물재배업 소득은 100%, 그 외 소득은 50% 감면으로 규정하고 있다"면서 "농업·촌 및 식품산업 기본법 등은 '작물재배업 외의 사업'은 식품산업(가공)과 식품(가공결과물)사업뿐만 아니라 식품의 판매 등 부대행위까지 포함하는 것으로 규정하고 있다"고 말했다.
이어 "A법인의 명의로 감자빵을 위탁주문·생산해 판매하고 있고, 감자빵의 상표권과 특허권은 A법인 대표가 보유하고 있어, 청구법인의 매출액은 농수산물인 감자를 이용한 빵을 제조해 판매한 금액이 대부분"이라며 "감자빵 제조에서 발생하는 소득은 조특법에서 규정하는 작물재배업 외의 소득이 명확하다"고 주장했다.
그러나 처분청은 감자빵 판매에 의한 소득은 '작물재배업 외의 소득'이 아니라고 봤다.
국세청은 "A법인은 빵류제조업(주업종)과 음식점업(부업종)으로 사업자등록을 했으며, 법인 대표는 지난 2017년 쟁점사업장에서 채소작물재배·음식점업을 영위하다가 2019년 상호를 변경해 베이커리 카페를 운영했던 사업자로 2021년에는 농업회사로의 법인전환을 사유로 폐업한 이력이 있다"고 말했다.
이어 "그해 농업경영체로 등록해 감자빵과 음료를 판매하는 베이커리 카페를 운영하고 있으며, 다양한 감자빵을 판매 시 감자빵을 굽고 급냉시킨 후 포장해 인터넷 여러 곳에서 판매하고 있다"며 "부가세 신고 시에도 감자빵과 음료판매 매출을 구분하지 않고 전액 부가가치세 과세대상으로 부가세를 신고했다"고 언급했다.
그러면서 국세청은 "A법인은 감자를 원재료로 계란, 버터 등을 배합해 빵을 제조·판매하고, 베이커리 카페를 운영하는데, 이는 단순한 농산물의 가공인 '감자껍질 제거, 감자 분쇄물 제조, 감자 플레이크 및 감자 조분 제조 등'과는 상이하다"면서 "A법인의 업종 역시도 한국표준산업분류표에 따른 빵류제조업(10712), 제과점업(56191)에 해당해, 농산물의 가공인 기타 과실채소 가공 및 저장처리업(10309), 기타 곡물 가공품 제조업(10619)에 해당하지 않는다"고 설명했다.
양측의 의견과 사실관계를 살핀 조세심판원은 처분청의 손을 들어줬다. 농업회사법인에게 세액감면이 특별히 부여되는 만큼 '농산물 가공의 의미'를 좁게 해석해야 한다는 이유에서다.
조세심판원은 "조특법상 제조와 가공의 의미에 대해 별도 규정하고 있지는 않으나 농업회사법인에게 세액감면이 특별히 부여되는 만큼, 농산물 가공의 의미는 범위를 다소 좁게 해석해 농산물의 껍질벗기기, 절단, 분쇄 등 원재료의 형질을 유지할 수 있는 물리적인 형태의 가공에 그치는 것으로 봐야 한다"고 말했다.
이어 "농산물 이외의 재료가 상당 부분 혼합돼 그 결과로 농산물 원형과 다른 식품이 되는 가공행위나 가공과정에서 상당한 화학적 변화를 수반하는 것까지 세액감면의 대상이 되는 가공으로 해석할 경우, 이는 일반 법인의 제조·가공과 다르지 않아 '농업 활성화 목적'으로 설립된 농업회사법인의 작물재배업 외 소득에 대해 한시적(최대 5년)으로 세액감면을 하는 취지에 부합하지 않는다"고 언급했다.
그러면서 심판원은 "A법인의 감자빵 제조는 감자의 화학적 변화를 수반한 가공으로 일반 법인의 제조·가공과 더 유사한 제조·가공으로 보이는바, 이로 인한 소득은 작물재배업 외 소득에 포함되는 농산물의 가공에서 발생한 소득으로 보기 어려워, 처분청이 세액감면을 부인해 과세한 처분은 잘못이 없다"고 판단했다.
[참고 심판례: 조심2024중0783]
