"국세청이 추측으로 과세했습니다"

A씨는 2003년에 취득한 서울 마포구 소재 토지 및 건물을 2019년에 양도하면서, 해당 부동산을 다가구주택으로 보고 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용해 양도소득세를 신고·납부했다. 해당 부동산은 1층 주차장과 계단실, 2층 근린생활시설, 3~5층 다가구주택으로 이뤄져 있었다.

그러나 국세청은 2023년 A씨에 대한 양도소득세 조사를 통해 2층의 202호는 공부상 용도가 근린생활시설이지만 사실상 주택으로 사용돼, 주택 사용 층수는 2층부터 5층까지 4개층이므로 다가구 주택의 요건을 충족하지 않는다고 봤다.

이에 국세청은 A씨가 거주한 501호에 대해서만 1세대 1주택 비과세를 적용해 2019년 귀속 양도소득세를 경정·고지했지만, 이를 받아들일 수 없었던 A씨는 이의신청을 거쳐 조세심판원을 찾았다.

A씨는 "202호는 부동산을 취득하던 때부터 근린생활시설 용도로 사용해왔고, 매각 4년 전 내부 간이공사를 통해 휴게시설을 갖춰 프랜차이즈사업을 하는 B씨에게 사무실 및 작업실 형태로 임대하다 매각했다"며 "B씨와 그 전 임차인 C씨도 전입한 사실이 확인되지 않고 재산세도 근린생활시설로 과세됐으므로 주택으로 볼 수 없다"고 주장했다.

이어 A씨는 "2019년 부동산을 양도할 때 202호가 주택으로 사용됐다는 입증책임 역시 국세청에 있는데도 국세청의 추정으로 과세했다"면서 "2023년 4월 국세청이 촬영한 현장 사진은 양도일로부터 약 3년 5개월이 지나, 사진 속 상황이 양도시기와 동일하다는 주장은 가정과 추측에 불과하다"고 덧붙였다.

이에 대해 국세청은 "2013년부터 2016년까지 임차해 전입했던 임차인 D씨가 202호에 주민등록한 사실이 확인된다"며 "해당 부동산을 매매 중개한 공인중개사 등의 답변내용을 볼 때 202호는 당초부터 주택이었던 것으로 보인다"고 맞섰다.

또한 국세청은 "청구주장에서도 양도 4년 전부터 숙식이 가능한 주거형태를 갖췄다고 했고, 현장 확인일인 2023년 4월 현재에도 주택이 계속 사용되고 있다"면서 "그 구조·기능이나 시설 등이 주거용에 적합한 상태로 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 202호를 주택으로 보는 것이 타당하다"고 설명했다.
양측의 의견을 모두 살핀 조세심판원은 국세청이 A씨에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단했다.

조세심판원은 "202호는 건축물관리대장상 그 용도가 근린생활시설로, 공부상 용도대로 재산세가 과세됐다"며 "개별주택가격산정 대상에서도 제외됐고, 양도일 약 4년 전부터 주민등록전입 사실이 없다"고 짚었다.

또, 심판원은 "임차인 B씨는 사무실 등으로 사용하기 위해 202호를 임차했다고 확인했고, C씨 역시 주류보관 창고 등으로 사용했다고 확인했다"면서 "2023년 조사 당시 현황으로 양도 당시 현황이 주택이라고 단정하기는 어렵다"고 봤다.

심판원은 "이처럼 양도 당시 사실상 용도가 불분명하다면 공부상 용도에 의해 판단해야 하는 점(조심 2004서2792, 2004.12.23. 등) 등에 비춰 양도 당시 202호는 주택이 아닌 근린생활시설로 보는 것이 타당하다"고 전했다.

[참고 심판례: 조심 2024전1935]