연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 중소기업의 투자유인을 강화하는 방향으로 개선해야 한다는 주장이 제기됐다. 현 제도에 따르면 대기업은 증가분 방식 공제를 선택하는게 유리한 반면, 중소기업은 당기분 방식을 선택하는 것이 유리해 중소기업의 투자유인이 대기업에 못미친다는 것이다.
1일 전병목 한국조세재정연구원 연구위원은 이같은 점을 감안해 "현행 세액공제는 R&D 증가 유인을 높이는 방향으로 개선할 필요가 있다"고 주장했다.
전 연구위원은 이날 한국조세재정연구원이 개최한 '2014년 일몰예정 비과세·감면 정비방향 공청회'에서 "증가분 방식 공제율이 당기분 방식 공제율의 2배 수준인 중소기업의 경우 연 당기분 방식을 선택할 유인이 높아 연구·인력개발 비용 증가 유인 효과가 제한적"이라며 "반면 대기업은 증가분 방식 공제율 40%가 당기분 공제율 3~4%의 10~13배에 이르므로 증가분 방식을 선택하는 것이 유리하다"고 말했다.
그는 "이같은 점을 고려해 현 제도를 R&D 증가 유인을 높이는 방향으로 개선이 필요하다"며 "높은 수준의 정부지원이 이루어지는만큼 공제대상 비용항목 역시 직접적인 연구개발과 관련된 비용으로 제한할 필요가 있다"고 주장했다.
□ "고용창출투자세액공제, 고용·투자 연계성 높여야" = 현행 고용창출투자세액공제를 고용증가에 비례하도록 조정할 필요성이 있다는 주장도 나왔다.
현 제도가 고용창출 촉진이라는 본 목적에 부합하지 않기 때문이라는 이유에서다.
전 연구위원은 "현재 고용유지시 투자금액을 공제해주는 기본공제는 1~4%로 차등화되어 있는 반면, 고용증가에 비례해 공제하는 추가공제는 3%로 고정되어 있다"면서 "고용과 투자의 연계성을 높이기 위해 동 제도를 고용증가에 비례하는 제도로 조정할 필요가 있다"고 주장했다.
그는 "이를 위해 기본적으로 고용과 무관한 기본공제율은 인하하되, 고용증가에 비례하는 추가공제율을 인상하는 방향으로 제도를 재설계할 필요가 있다"고 지적했다.
또한 투자 대비 고용률이 높은 서비스업에 대해 추가공제율을 인상할 것과 지방투자의 유인을 높이는 것도 고려해 기업이 지방에 투자하는 경우 고용창출투자세액공제 추가공제율을 1%p 인상하는 방안도 논의됐다.
□ "조합법인, 일반 법인과 과세형평 맞춰야" = 조합법인의 법인세 과세특례를 일반 법인과의 형평성에 맞게 조정할 필요가 있다는 주장도 나왔다.
현행 과세특례방식은 조합법인들에 당기순이익 과세를 하고 있고, 법인세 최저한 세율(10%, 12%, 17%)보다도 낮은 9% 단일세율을 적용하고 있어 조정할 필요가 있다는 것이다.
그는 "개별법으로 설립된 협동조합 등에는 재무제표상 당기순이익에 8개 항목만 세무조정 후 단일세율 9%로 법인세를 과세하고 있다"면서 "정상적 세무조정 의무를 부담하고 일반 법인세율을 적용받고 있는 비영리법인이나 중소기업 등 소규모 사업자와의 형평성에 문제가 있다"고 지적했다.
이어 "당기순이익 과세를 하고 있는 법인들에 세법상 지원이 필요하다면 투명한 구조로 지원이 될 수 있도록 개편방안을 검토할 필요가 있다"며 "조합법인도 소규모사업자, 비영리법인과 같이 정상적 세무조정을 받도록 하고, 과세표준 산출방식을 장기적으로 일반법인 수준으로 적용하는 방안 등을 검토해 봐야 한다"고 말했다.
□ "생산성향상시설 투자세액공제 의미없어" = 전 연구위원은 생산성향상시설 투자세액공제의 실효성에도 의문을 제기했다. 모든 기업에 적용되는 생산성향상시설 투자세액공제는 시장에서의 기업의 행태를 이해하지 못한 제도라는 지적이다.
따라서 현재 모든 기업에 대해 이루어지는 생산성 향상지원을 중소·중견기업에 한정시켜야 한다는 주장을 했다.
전 연구위원은 "생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제는 공정개선 및 자동화 시설, 첨단기술설비, 공급망관리 시스템설비, 고객관계관리 시스템설비, 지식관리 시스템 등에 대한 시설투자에 대해 투자액의 3%(중소기업은 7%)를 세액공제하는 제도로 2013년 기준 886억원을 지원했다"고 말했다.
그는 "생산성 향상은 기업 생존을 위한 필수 조건으로 시장경쟁을 통해 이루어지는 자연스러운 현상"이라며 "모든 기업에 대한 생산성 향상시설 지원은 국내적 경쟁상황 개선에는 큰 의미가 없으며 수출기업에만 효과가 있다"고 지적했다.
이어 "생산성 향상은 시설투자뿐만 아니라 인력재배치, 운영방식 개선 등의 다른 형태로도 나타나기 때문에 물적 투자에만 지원할 이유는 없다"며 "생산성 개선효과가 크고 자본조달의 어려움을 겪는 중소기업, 중견기업에 대한 지원제도로 특화하는 것이 바람직하다"고 주장했다.
