토지보상시 양도세신고 검토사항-체크리스트(4)

이번 칼럼에서는 ‘토지보상시 양도세신고 필수 검토사항’ 연재물의 마지막으로서 토지보상에 따른 양도소득세 신고시 특수한 경우에 해당되는 사례를 알아본다.

이 사례는 1)사업자가 부담하는 건물분 부가가치세에 따른 양도소득세 검토사항, 2)한 과세기간 동안 2회 이상 자산이 수용되거나 양도할 때 발생하는 양도소득세 세액계산 문제, 3)이의재결 또는 행정소송 진행시 파생되는 양도시기 결정 및 수정신고 사항 등을 검토한다.

본격적으로 앞에서 언급한 사항 등을 기술하기에 앞서 다음의 ‘토지보상시 양도소득세 신고 필수 검토사항 - 체크리스트 (4)’표를 참고하기 바란다.



먼저 공공사업을 위한 토지보상에 있어서 사업자가 부담하는 건물분 부가가치세 문제는 세법상 문제는 물론 감정평가에 있어서도 논란의 대상이 된다. 왜냐하면 지금까지 사업자의 지장물 보상시 사업자가 부담하는 부가가치세에 대해서는 감정평가에 반영이 안되었기 때문이다.

따라서 이 사항은 사업자가 감정평가시 사업시행자에게 적극적으로 주장할 사항이라고 사료된다. 아울러 부동산 임대사업자에게 ‘영업손실보상금’을 지급하지 아니하는 것도 감정평가시 논란의 여지가 있다. 이러한 사항들은 ‘감정평가사’의 전문 영역이므로 이 정도만 언급한다.

사업자가 부담하는 건물분 부가가치세 문제로 초점을 맞추어 보면, 과세당국은 양도 전에 철거가 누구의 계산과 책임하에 진행되는지의 여부에 따라 부가가치세 과세 여부를 결정한다.

즉, 사업자가 수용대상인 재화(면세재화 제외)를 당해 사업시행자에게 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 양도하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제1항의 규정에 의한 재화의 공급으로서 부가가치세가 과세되는 것이나, 당해 수용대상 재화를 시행자에게 공급하지 아니하고 당해 재화의 소유자 책임하에 이전을 위하여 철거를 하고 당해 재화의 철거로 인한 특별한 손실에 대한 보상금을 사업시행자로부터 받는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이다.

이 경우 소유권 이전등기를 하는 경우 건물의 양도로 볼 수 있는 것이며, 건물 양도전의 경우에도 건물의 양도 전에 철거가 누구의 계산과 책임하에 진행되는지의 여부에 따라 재화의 공급여부가 결정되는 것이다(기획재정부-463, 2008.03.14).

위의 예규에 따라 사업자가 사업자 책임하에 철거를 하지 않고 건물에 대해서 사업시행자에게 소유권을 이전해 주고 지장물 보상을 받았다면, 양도소득세 계산시 양도가액은 어떻게 산정이 될까? 해답은 지장물 명세서상의 건물분 감정평가액을 1.1로 나누면 된다. 왜냐하면 감정평가시에는 건물분 감정평가액이 부가가치세를 감안하지 않고 평가가 됐음에도 불구하고 양도가액에 산정시에는 해당 감정평가액에 부가가치세가 포함되어 있다는 가정하에 계산을 하기 때문이다. 

이제 한 과세기간 동안 2회 이상 자산이 수용되거나 양도할 때 발생하는 양도소득세 세액계산 문제를 다룬다. 한 과세기간 동안 당해 수용자산 이외에 또 다른 양도자산이 있으면 즉, 1년 동안 양도소득세 과세대상 재산을 2회 이상 양도한 경우 납세자가 연간 양도한 자산의 소득금액을 합계하여 누진세율에 따라 양도소득세를 계산한다.

그런데 이렇게 합산 신고하는 경우, ①결손금(양도차손)의 다른 자산과의 통산, ②양도소득 기본공제의 공제순서, ③누진세율 적용자산의 감면세액 재계산, ④예정신고납부 세액공제액 등은 양도소득세를 건별로 계산하여 단순 합산하는 것과 차이가 있으니 주의를 요한다.

끝으로 일부 토지보상자들은 보상금에 불만이 있어 1차 협의기간에 협의에 응하지 아니하고 사업시행자의 수용재결을 기다리는 경우도 있다. 이럴 경우, 추후 재결 보상금을 이의 없이 수령한 경우에는 양도시기가 재결보상금 수령일이다. 다만, 보상금 수령전 소유권 이전등기를 한 경우에는 소유권이전 등기일이 양도시기가 된다.

그러나 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 통하여 변동된 토지보상금을 수령한 경우에는 소유권이전일과 변동보상금 확정일 중 빠른 날이 양도시기가 된다.

이렇게 이의신청 또는 행정소송을 통하여 증액되는 경우에는 그 증액된 보상금을 수령한 날에 양도가액을 경정하여 국세기본법 제45조의 규정에 따라 수정신고하는 것이며 예정신고납부 기간이 경과하여 추가로 수령한 금액에 대하여는 예정신고납부 세액공제가 되지 아니한다(서사-559, 2006.3.14).