특수한 경우의 연말정산

1) 2 이상의 근무지가 있는 경우(소법 §137의2)

  2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자 제외)이 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고 종된 근무지의 원천징수의무자로부터

  근로소득원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

○ 근무지 신고
2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자는 제외)은 해당 과세기간 종료일까지 주된 근무지와 종된 근무지를 정하여 근무지(변동)신고서(소득세법 시행규칙 별지 제26호 서식)를 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

○ 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 근로소득 원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하는 경우 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 연말정산을 하여야 한다.

○ 근로소득 원천징수영수증을 발급하는 종된 근무지의 원천징수의무자는 해당 근무지에서 지급하는 해당 과세기간의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 간이세액표에 따라 원천징수한 세액을 공제한 금액을 원천징수한다.

○ 납세조합에 의하여 징수된 근로소득과 다른 근로소득이 함께 있는 사람(일용근로자 제외)에 대한 근로소득의 연말정산은 위의 내용을 준용한다.

2) 재취직자의 근로소득세액 연말정산(소법 §138)

○ 해당 과세기간 중도에 퇴직하고 새로운 근무지에 취직한 근로소득자가 종전 근무지에서 해당 과세기간의 1월부터 퇴직한 날이 속하는 달까지 받은 근로소득을 포함하여 근로소득자 소득ㆍ세액공제신고서(전근무지의 근로소득원천징수영수증 및 근로소득원천징수부 사본 포함)를 제출하는 경우 원천징수의무자는 그 근로소득자가 종전 근무지에서 받은 근로소득과 새로운 근무지에서 받은 근로소득을 더한 금액에 대하여 소득세를 원천징수한다.

○ 해당 과세기간의 중도에 퇴직한 근로소득자가 퇴직하는 달까지의 해당 과세기간의 근로소득금액에 대해 연말정산을 하여 소득세를 납부한 후 다시 취직하였다가 그 연도의 중도에 다시 퇴직하는 경우 해당 근로소득자가 전근무지의 근로소득을 포함하여 근로소득자 소득ㆍ세액공제신고서(전근무지의 근로소득원천징수영수증 및 근로소득원천징수부 사본 포함)를 제출한 때에는 현근무지 원천징수의무자는 전근무지의 근로소득과 합산하여 연말정산을 하여 소득세를 원천징수한다.

○ 해당 과세기간에 전근무지 근로소득이 있는 자가 현근무지 근로소득과 합산하여 연말정산하지 않는 경우 해당 과세기간의 다음연도 5월까지 과세표준 확정신고를 하여야 하고, 종합소득세 과세표준 확정신고를 하지 않은 경우 과소납부한 소득세, 신고 및 납부불성실 가산세를 추가로 부담하여야 한다.

3) 납세조합에 의한 연말정산(소법 §150)

○ 다음에 해당하는 근로소득이 있는 사람이 조직한 납세조합은 납세조합에 가입된 근로소득자의 근로소득원천징수부를 비치ㆍ기록하여야 한다.

외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외)으로부터 받는 근로소득

국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 비거주자의 국내사업장과 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득은 제외한다.

○ 납세조합은 납세조합에 가입한 근로소득자가 「소득세법」 제137조 및 제138조의 예에 따라 연말정산을 하는 경우에는 근로소득금액에서 해당 근로소득자의 소득ㆍ세액공제신고 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 「소득세법」에 따른 세액공제 및 「조세특례제한법」 상의 세액공제를 한 후 해당 과세기간에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

 4) 사업 양도ㆍ양수 및 합병ㆍ분할 등의 연말정산

○ 사업양수법인이 사용인과 해당 사용인의 퇴직급여충당금을 승계한 경우 해당 사업양수법인에서 그 사용인에 대한 연말정산을 할 수 있다.(법인46013-2484, 1998.09.03)

○ 사용인이 현실적인 퇴직을 하지 아니하고 해당법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인으로 전출한 경우 전입법인에서 해당 과세기간의 근로소득을 통산하여 연말정산을 한다.(법인46013-1708, 1998.06.25)

○ 법인이 분할함에 있어서 분할법인의 임직원이 분할신설법인에 계속 취업하고 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우 해당 임직원에 대한 연말정산은 분할신설법인에서 하는 것이며, 「소득세법」 제164조에 의한 지급명세서는 연말정산하는 분할신설법인에서 제출한다.(서면1팀-1096, 2004.08.09)

5) 근로자가 소득ㆍ세액공제신고서를 제출하지 아니한 경우

원천징수의무자가 「소득세법」 제140조에 따른 근로소득자 소득ㆍ세액공제 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대해서 연말정산할 때에는 기본공제 중 해당 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제(13만원)만을 적용한다.

6) 연말정산을 하지 아니한 경우(소칙 §92)

○ 원천징수의무자가 근로소득 연말정산을 하지 아니한 때에는 원천징수 관할세무서장은 즉시 연말정산을 하고 그 소득세를 원천징수의무자로부터 징수한다.

○ 원천징수의무자가 근로소득 연말정산을 하지 아니하고 행방불명이 된 때에는 원천징수 관할세무서장은 해당 근로소득이 있는 자에게 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여야 한다는 것을 통지하고, 해당 근로자는 해당 과세기간의 다음연도 5월까지 주소지 관할 세무서에 종합소득 과세표준 확정신고를 하여야 한다.