◆…사진=조세일보 그래픽
정부가 기업 성장 시 세액공제율이 점진적으로 축소되도록 해 기업 성장에 따른 세부담 증가를 완화하기 위한 조치로 중소기업이 중견기업으로 성장할 경우 세액공제율을 변화하는 점감구조를 도입하기로 했다.
기획재정부는 25일 이러한 내용이 담긴 '2024년 세법개정안'을 통해 매출액 또는 자산 증가로 최초로 중소기업을 졸업(유예기간 종료)한 경우 3년(일반 R&D 5년)간 중소기업과 중견기업의 중간 수준의 세액공제율을 적용한다고 밝혔다.
점감구조는 오는 2025년 1월1일 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업을 졸업한 경우 적용된다. 단, 2021년 이후 중소기업 매출액 기준을 초과해 이미 유예기간 중인 중소기업도 점감구조 적용이 가능하다.
예를 들어 2021년 중소기업 매출액 기준을 초과해 3년(2022~2024년)간 졸업이 유예되고, 2025년 중소기업을 졸업한 경우 점감구조에 따른 공제율을 적용받게 된다.
한편 코스닥 상장 중견기업에 대한 우대 공제율은 폐지한다. 기재부에 따르면 이미 성장한 중견기업에 대한 지원은 종료하되, 상대적으로 상장이 어려운 중소기업의 상장을 집중 지원한다는 취지다. 코스피·코스닥 상장 중소기업은 졸업 유예기간을 2년 추가 연장(3년→7년)된다.
또한, R&D 세액공제 적용 시, 전체 연구 시간 중 주된 시간을 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구에 투입한 연구인력의 인건비에 대해서는 실제 투입시간에 따라 각각의 공제율을 적용한다.
일례로 연간 실제 투입시간 비율이 국가전략기술 90%, 일반 10%인 연구원이라면 현행에서는 인건비의 100%에 대해 일반 공제율이 적용되지만 개정안에 따르면 인건비의 90%는 국가전략기술 공제율, 인건비의 10%는 일반 공제율을 적용받게 된다.
만일 내국인이 실제 연구 투입시간에 따른 공제율을 적용받기 위해서는 R&D 세액공제 신청 시 연구원의 실제 투입 시간 입증 자료를 국세청에 추가로 제출해야 한다.
기재부 관계자는 "연구원이 실제 연구한 시간에 맞게 세액공제를 적용해 국가전략기술 등 첨단 분야의 연구개발을 촉진하고, 또한, 국가전략기술 연구 시 해당 기술과 연관된 일반 연구를 함께 수행하는 경우가 발생하는 점을 고려했다"고 설명했다.
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