대체주택 취득일로부터 3년을 넘긴 후에 종전주택을 양도했다고 보고 '1세대1주택 비과세' 적용을 거부한 국세청의 처분을 두고 "정부 정책에 따른 예외를 두어야 한다"라는 납세자의 주장이 받아들여지지 않았다.

A씨는 2016년 3월 재건축 조합설립인가를 받은 주택을 부부공동 명의로 취득(종전주택)했고, 이로부터 1년 3개월이 지난 2017년 6월에 주택(대체주택) 한 채를 샀다. 종전주택은 출퇴근이 어렵고 생활하기도 불편하다는 이유에서다. 이후 2020년 12월에 종전주택을 팔고, 이듬해 1월 양도차익에 대한 세금신고(2주택자 세율)도 마쳤다.

그런데 세금까지 납부했던 A씨는 지난해 10월 세무서(이하 처분청)에 "납부세액을 환급해달라"며 경정청구를 제기했다. 2017년 당시 정부의 주택시장 안정화 방안(이하 8·2대책)으로 인해 종전주택의 재건축 조합원 지위 양도가 금지됐다는 이유로, 종전주택의 양도기한(대체주택 취득일로부터 3년 내) 충족 여부를 판단할 때 조합원 지위 양도금지기간을 제외해야 한다는 목소리였다. 이렇게 된다면 종전주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 대상이 된다는 게 A씨의 주장이다. 그러나 처분청은 "법령상 요건을 충족하지 못했다"며 이를 거부했다.

현재 1주택을 소유한 1세대가 분양권(또는 입주권)을 취득하고 신규주택의 완공일로부터 3년 내 기존 주택을 양도했을 때, 세법에서 정한 고가주택이 아니라면 차익에 대해서는 세금을 내지 않아도 된다.

심판청구를 제기한 A씨는 "과다납부된 세금을 환급하는 것이 마땅하다"고 말했다. A씨의 주장에 따르면, 조합원 자격을 제한하는 정부의 정책으로 2017년 8월~2020년 9월까지 종전주택을 양도하지 못했다고 한다. 이런 전매제한 기간을 제외하면, 본인은 대체주택 매입 이후에 약 4개월 만에 종전주택을 처분한 것이어서 일시적 2주택 비과세·장기보유특별공제를 못 받았다는 것이다. 다시 말해, 정부 정책으로 피해를 봤기에 예외로 인정해야 한다는 소리였다.

A씨는 "처분청은 이러한 사정을 고려하지 않은 채, 일률적으로 종전주택의 양도가 일시적 2주택자에 대한 비과세 적용기간(3년)을 초과해서 이루어졌다고 봤다"며 "정부의 8·2대책으로 종전주택의 매도가 불가능했던 기간을 종전주택의 보유기간에서 제외해야 한다"고 말했다.

반면, 처분청은 "조세법률에 있어 그 과세요건과 이에 대한 예외규정인 비과세 내지 면세 규정은 그 내용이 현저히 불합리하지 않는 한 입법자의 입법재량에 속한다"고 맞섰다. 또 "A씨가 대체주택을 취득한 후 세법에서 정한 기간 내 종전주택을 양도하지 않은 데에 종전주택의 재건축 프리미엄 등을 고려한 납세자의 선택이 반영되어 있음을 배제할 수 없다"고도 했다.

조세심판원의 판단도 처분청과 다르지 않았다(기각 결정, 납세자 패소). 심판원은 결정문을 통해 "신규주택 취득일부터 종전의 주택 양도일까지 기간 산정 시 도시정비법에 따른 조합원 자격 취득 제한으로 사실상 종전의 주택에 대한 매매가 불가능했던 기간을 제외하도록 하는 등의 예외규정은 확인되지 않는다"고 밝혔다.

대법원도 유사한 사례에 대해 '감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정으로 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다'는 결정을 내린 바 있다.

[참고심판례: 조심2023전3141]