#. A씨는 지어진 지 10여년 된 B교회의 장로로, 담임목사를 대신해서 교회 관련한 사무를 담당하고 있다. 최근 고령인 담임목사는 목회활동을 그만뒀고, 담임목사 본인 명의로 되어 있는 B교회건물은 다른 교회에 양도했다.

A씨는 지인으로부터 '교회를 3년 이상 공익 목적에 사용하고, 이를 양도할 때 차익에 대해 세금을 내지 않는다'는 얘기를 들었다. 그런데 담임목사가 다른 교회를 설립하지 않고 양도대금을 개인적으로 가져가는 경우에도 비과세 혜택을 받을 수 있는지는 확신이 서지 않았다.

Q. 교회를 10여년 공익목적으로 사용한 뒤 양도했는데, 양도세 비과세 대상인가요, 그리고 양도한 뒤 목사가 양도대금을 다른 교회를 취득하는 데 쓰지 않고 개인이 소유하게 되더라도 비과세 혜택은 유효한가요.

A. "개인 소유의 교회라면, 양도세 과세 대상"

A씨의 질의에 대해 국세청은 먼저 "민법, 법인세법과 그 시행령에 따라 비영리법인이 자산을 양도하는 경우라면 양도세 납세 의무는 없다"고 했다.

민법 제36조는 교회를 '종교를 목적으로 하는 단체'로 규정해 종교 보급을 위한 고유목적사업으로 규정한다. 법인세법 제2조는 비영리법인을 '이윤을 목적으로 하지 아니하고 공익을 목적으로 하는 법인'으로 정의한다. 민법과 세법에서는 교회가 비영리법인이라는 근거를 제공한다.

법인세법 55조를 보면, 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용한 자산 양도소득에 대해 양도세를 면제한다고 규정하고 있다. 비과세 혜택을 받으려면 대해 3년 이상 계속해 고유목적사업에 직접 사용해야 한다(법인세법 시행령 제2조).

다만 국세청은 교회가 비영리법인이 아니라 목사 개인 소유였을 경우에 대해 "목사 개인이 부동산을 취득해 종교보급 등 고유목적사업에 사용했을 경우, 소득세법상 양도세 비과세 혜택을 받도록 하는 규정은 없다"고 했다.

[참고 : 국세상담센터 인터넷상담사례]