◆…조세일보 세금신고 가이드 홈페이지 화면.
'연구·개발(R&D) 세액공제'는 절세 효과가 크기 때문에, 법인세 부담을 줄이려는 기업 입장에서는 놓쳐서는 안 된다. 문제는 세액공제 요건이 복잡하다 보니, 잘못된 공제 신청이 이루어질 수 있는 부분이다. 국세청의 사후검증으로 발각됐을 때는 공제받은 금액에 더해 가산세까지 추징되기 때문에, 법인세 신고 전부터 이를 걱정하는 기업들이 많다고 한다.
국세청에서는 기업이 R&D에만 전념할 수 있도록 관련 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 '사전심사 제도(이하 사전심사제)'를 운영하고 있다. 이 제도를 이용하면 국세청이 기업의 의견을 듣고 R&D 세액공제 관련사항을 조율해준다. 세액공제 신청 결과에 대한 과세처분이 나오더라도 과소신고 가산세를 면제받을 수도 있다.
사전심사로 알 수 있는 세액공제 대상은 인건비와 재료비, 수행 연구과제에서부터 비용이 이미 지출됐거나 확정되지 않은 과제까지 다양하다. 
신청할 때는 R&D 세액공제 사전심사 신청서와 함께 ▲R&D 보고서 ▲R&D 명세서 ▲기타 관련 서류 등 세액공제 대상임을 증명할 수 있는 서류를 첨부해 제출해야 한다.
기존에는 보완서류 제출이 우편과 방문접수로만 가능했다. 국세청 관계자는 "올해부터는 홈택스를 통해 제출이 가능해졌으며, 사전심사 진행 상황을 살펴볼 수 있는 전산 조회화면도 개발돼 편의성이 개선됐다"고 했다.
■ R&D 세액공제 불인정 사례 
■ 법인세 공제감면 컨설팅, 모든 중소기업으로 확대
국세청에서 제공하는 '법인세 공제감면 컨설팅' 제도를 이제 모든 중소기업이 누릴 수 있다.
이전까지는 매출기준 100억원에서 1000억원 규모의 8000여개 중소기업만 해당 컨설팅을 받을 수 있었지만, 올해 신고분부터 매출기준이 폐지돼 모든 중소기업이 세액공제 및 세액감면과 관련된 컨설팅을 받을 수 있게 됐다.
중소기업이 해당 컨설팅을 받으면, 신고내용 확인 및 감면사후관리대상에서 제외된다. 또 추후 과세처분되어도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택을 누릴 수 있다. 
홈택스로 신청할 경우 '홈택스→신청/제출→일반 신청/제출→일반세무서류신청→민원명 찾기에 '컨설팅' 입력 후 조회하기→신청' 순으로 접근하면 된다.
과거 사업연도에 세액공제 또는 세액감면을 적용받지 못한 부분이 있다면 경정청구를 하기 전까지 컨설팅을 신청할 수 있다.
컨설팅을 신청한 중소기업은 신청한 날의 다음 달 말일까지 관할 지방국세청장으로부터 세액공제 및 감면 가능 여부와 금액 등을 서면으로 통지받는다.
국세청에서는 기업이 R&D에만 전념할 수 있도록 관련 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 '사전심사 제도(이하 사전심사제)'를 운영하고 있다. 이 제도를 이용하면 국세청이 기업의 의견을 듣고 R&D 세액공제 관련사항을 조율해준다. 세액공제 신청 결과에 대한 과세처분이 나오더라도 과소신고 가산세를 면제받을 수도 있다.
사전심사로 알 수 있는 세액공제 대상은 인건비와 재료비, 수행 연구과제에서부터 비용이 이미 지출됐거나 확정되지 않은 과제까지 다양하다.
사전심사제는 법인세 및 소득세 신고 전까지 신청할 수 있고, 홈택스 전자접수, 우편이나 세무서 방문접수를 통해 신청하면 된다. 세액공제 신청 누락분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.
신청할 때는 R&D 세액공제 사전심사 신청서와 함께 ▲R&D 보고서 ▲R&D 명세서 ▲기타 관련 서류 등 세액공제 대상임을 증명할 수 있는 서류를 첨부해 제출해야 한다.
기존에는 보완서류 제출이 우편과 방문접수로만 가능했다. 국세청 관계자는 "올해부터는 홈택스를 통해 제출이 가능해졌으며, 사전심사 진행 상황을 살펴볼 수 있는 전산 조회화면도 개발돼 편의성이 개선됐다"고 했다.
■ R&D 세액공제 불인정 사례
◆…국세청이 밝힌 R&D 세액공제 불인정 사례. 정보수집과 시장조사 같은 활동은 세액공제를 받을 수 없다. (출처 국세청)
연구를 위한 정보수집 인건비 지출도 R&D 세액공제를 받을 수 있을까. 후속 개발방향 도출없이 정보수집과 시장조사만 했다면 인정받지 못한다.
A법인은 빅데이터 기계학습 연구에 연구원을 참여시켜 정보수집과 시장조사를 진행했다. A법인은 법인세 신고 시 이들의 인건비에 대해 세액공제를 신청했지만, 국세청은 정보수집과 시장조사 같은 활동이 R&D에 해당하지 않는다고 판단해 세액공제 신청을 받아들이지 않았다.
제품 양산준비를 위해 들어간 연구비와 개발비가 세액공제 대상이 될 수 있을지 궁금할 수 있다. 그러나 부품 생산을 의뢰받아 납품하기 위한 양산준비단계 활동은 세액공제 대상에 해당하지 않는다.
B법인은 고객사로부터 신규 부품 양산 의뢰를 받아 금형과 초도품을 생산하는 등의 양산 준비단계 활동을 진행했다. B법인은 법인세 신고 기간에 인건비와 재료비에 대해 세액공제를 신청했으나, 국세청은 양산 준비단계 활동이 R&D에 해당하지 않는다고 판단해 세액공제 신청을 불인정했다.
과거의 연구 활동은 당해년도 세액공제 대상으로 인정받지 못한다. 2022년 귀속 법인세 신고를 하면서 2021년에 끝난 연구활동에 대해 세액공제를 신청할 수 없다는 소리다.
C법인은 당해년도 대상 인건비 세액공제를 받기 위해 전년도에 작성한 연구보고서를 제출했는데, 국세청은 당해가 아닌 과거에 완료한 R&D는 세액공제 대상이 아니라며 세액공제 신청을 반려했다.
A법인은 빅데이터 기계학습 연구에 연구원을 참여시켜 정보수집과 시장조사를 진행했다. A법인은 법인세 신고 시 이들의 인건비에 대해 세액공제를 신청했지만, 국세청은 정보수집과 시장조사 같은 활동이 R&D에 해당하지 않는다고 판단해 세액공제 신청을 받아들이지 않았다.
제품 양산준비를 위해 들어간 연구비와 개발비가 세액공제 대상이 될 수 있을지 궁금할 수 있다. 그러나 부품 생산을 의뢰받아 납품하기 위한 양산준비단계 활동은 세액공제 대상에 해당하지 않는다.
B법인은 고객사로부터 신규 부품 양산 의뢰를 받아 금형과 초도품을 생산하는 등의 양산 준비단계 활동을 진행했다. B법인은 법인세 신고 기간에 인건비와 재료비에 대해 세액공제를 신청했으나, 국세청은 양산 준비단계 활동이 R&D에 해당하지 않는다고 판단해 세액공제 신청을 불인정했다.
과거의 연구 활동은 당해년도 세액공제 대상으로 인정받지 못한다. 2022년 귀속 법인세 신고를 하면서 2021년에 끝난 연구활동에 대해 세액공제를 신청할 수 없다는 소리다.
C법인은 당해년도 대상 인건비 세액공제를 받기 위해 전년도에 작성한 연구보고서를 제출했는데, 국세청은 당해가 아닌 과거에 완료한 R&D는 세액공제 대상이 아니라며 세액공제 신청을 반려했다.
■ 법인세 공제감면 컨설팅, 모든 중소기업으로 확대
국세청에서 제공하는 '법인세 공제감면 컨설팅' 제도를 이제 모든 중소기업이 누릴 수 있다.
이전까지는 매출기준 100억원에서 1000억원 규모의 8000여개 중소기업만 해당 컨설팅을 받을 수 있었지만, 올해 신고분부터 매출기준이 폐지돼 모든 중소기업이 세액공제 및 세액감면과 관련된 컨설팅을 받을 수 있게 됐다.
중소기업이 해당 컨설팅을 받으면, 신고내용 확인 및 감면사후관리대상에서 제외된다. 또 추후 과세처분되어도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택을 누릴 수 있다.
신청방법은 세액공제 및 감면 관련 거래 또는 행위를 시작했거나, 의사결정을 한 날 다음 달 말일까지 홈택스·우편·방문 접수를 통해 신청하면 된다.
홈택스로 신청할 경우 '홈택스→신청/제출→일반 신청/제출→일반세무서류신청→민원명 찾기에 '컨설팅' 입력 후 조회하기→신청' 순으로 접근하면 된다.
과거 사업연도에 세액공제 또는 세액감면을 적용받지 못한 부분이 있다면 경정청구를 하기 전까지 컨설팅을 신청할 수 있다.
컨설팅을 신청한 중소기업은 신청한 날의 다음 달 말일까지 관할 지방국세청장으로부터 세액공제 및 감면 가능 여부와 금액 등을 서면으로 통지받는다.
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