#. A씨는 2015년 11월 서울시 청담동에 위치한 토지, 건물을 아내와 공동명의로 사들였고, 이듬해 12월 상가주택 복합건물(①건물)을 신축해서 사용승인·소유권보존등기를 마쳤다.

이후 2019년 A씨 세대는 조합원입주권을 추가로 취득했다. 보유세를 피하기 위한 목적이었는지, A씨는 2020년 12월 ①건물의 4층·5층을 단독주택에서 근린생활시설로 용도를 변경했다. 지난해 2월에 A씨는 ①건물을 팔았다. 당시 A씨 세대는 ①건물과 조합원입주권 외에 다른 주택은 보유하지 않았다.

오랫동안 보유한 집 한 채에 대해선 양도소득세를 깎아준다(장기보유특별공제)는 이야기를 들었던 A씨는 고민에 빠졌다. 용도변경한 건물의 양도소득에 대한 장기보유특별공제를 적용하는데 있어, 그 기산일이 기존건물의 취득일인지 아니면 용도변경일인지 여부였다.

A씨 사례에…"장특공제 기산일은 겸용주택 취득일"

장기보유특별공제(이하 장특공제)란 3년 이상 보유한 부동산을 양도할 때 양도차익에서 일정 비율을 차감해주는 제도다. 일반적인 부동산은 보유기간 1년당 2%씩 최대 30%(15년 보유시)가 공제된다.

1가구 1주택자라면 보유기간에 따른 공제율은 최대 80%다. 이러한 특례공제율은 2년 이상 거주하고 3년 이상 보유한 주택만 받을 수 있다. 보유기간 1년당 4%, 거주기간 1년당 4%씩 늘어나는 구조다. 가령 보유 10년, 거주 10년을 모두 채웠다면 80%를 받을 수 있다.

과거만 하더라도 단순히 주택을 얼마나 보유했는지에 따라 80%까지 공제 혜택이 돌아갔는데, 현재는 주택을 보유한 기간과 실제 거주한 기간을 나누면서 실제 거주하지 않았다면 공제 혜택이 줄어들게 설계된 상태다.

앞서 언급한 A씨 사례는 서울 내 1주택(겸용주택)을 소유한 1세대가 조합원입주권을 취득하고, 그 취득일로부터 3년 이내에 주택 부분을 근린생활시설로 용도를 변경한 경우다.

국세청은 이 사례에 대해 "장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간 기산일은 해당 겸용주택의 취득일로 하는 것"이라고 했다. 다시 말해, 보존등기일인 2016년 12월 이후부터 처분하기 전까지의 보유(거주)기간에 따른 공제율을 적용받는다.

[참고 질의회신 : 법령해석재산-0333]