주택을 팔아 수십억원의 차익을 남긴 법인에 대해 국세청이 세금을 제대로 징수하지 않고 있는 것으로 나타났다.

31일 감사원에 따르면 서울지방국세청은 2016년부터 2018년까지 54개 법인이 양도한 96채에서 양도소득이 발생했는데도 추가납부 법인세를 징수하지 않았다.

15개 법인은 국민주택 규모(1세대당 85㎡)를 초과한 주택 20채를 양도한 후 부가가치세를 납부하지 않았지만, 국세청의 별 다른 조치가 없었다.

법인세법은 법인이 주택을 양도한 경우 양도소득에 대한 법인세에 더해 양도소득에 10%를 추가납부하도록 규정하고 있다. 아울러 국민주택 규모를 초과하는 주택 양도거래에 대해선 부가가치세를 부과하고 있다.

감사원은 지난해 6월 8일~7월 3일 서울지방국세청에 대한 감사를 실시했다. 이 기간 동안 감사원은 2016년부터 2018년까지 주택을 양도하고 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하지 않은 혐의가 있는 229개 법인을 점검했다.

점검 결과에 따르면 강남세무서 관할 A법인은 2015년 부산광역시 연제구에 있는 5채의 주택과 그 부수토지를 경매로 27억원에 일괄 취득해 보유하다가 2017년 87억원에 일괄 양도해 약 60억원의 차익을 얻었음에도 약 8억원(가산세 포함)을 법인세액에 추가해 납부하지 않았다.

또한 A법인은 5채의 양도주택 중 2채가 주거전용면적이 국민주택 규모를 초과했지만 부가가치세 역시 신고하지 않았다.

A법인을 포함해 54개 법인이 양도한 96채에서 양도소득이 발생했음에도 양도소득에 대한 추가납부 법인세 37억원 상당을 신고납부하지 않고 있었고, 15개 법인이 국민주택 규모를 초과한 주택 20채를 양도했지만 약 7억원의 부가가치를 납부하지 않아, 총 44억원 상당의 세금(가산세 포함)이 징수되지 않고 있던 것으로 확인됐다.

이에 감사원은 "서울지방국세청장은 강남세무서 등 24개 관할 세무서로 하여금 A법인 등 법인의 주택 양도소득에 대한 추가 납부 법인세 및 국민주택 규모를 초과하는 주택 양도거래에 대한 부가가치세를 징수하도록 하는 방안을 마련하시기 바란다"고 통보했다.

서울지방국세청은 "감사결과를 받아 들인다"면서 "법인의 주택 양도소득에 대한 추가 납부 법인세 등을 부과·징수하겠다"고 답했다.