◆…이미지 = 조세일보 세금신고가이드 법인세편

연구인력개발(R&D) 세액공제란 정부가 정한 신성장동력 원천기술 대상에 포함되면 해당 연도에 지출한 연구개발비를 최대 40%까지 세금에서 감면해주는 제도를 말한다. 일반기업의 경우 최대 25%까지 감면받을 수 있다.

세금 절감 효과가 크기 때문에 기업 입장에선 절대 놓쳐서는 안 되는 제도지만, 실제 R&D 세액공제는 요건이 복잡해 해당 여부와 공제 가능 금액을 놓고 기업과 과세관청 사이에 자주 다툼이 있는 제도이기도 하다.

추후 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 그동안 공제 받은 금액에 가산세 폭탄까지 추징되는 '대참사'가 발생할 수 있다.

이에 국세청은 지난해부터 납세자가 신청하는 경우 R&D 세액공제 적정여부를 사전에 확인해주고 있다.

■ R&D 세액공제 사전심사, 어떻게 신청하나?

◆…R&D 세액공제 사전심사 신청 절차 (제공 : 국세청)

R&D 세액공제 사전심사는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있다. 의무적으로 신청해야 되는 것는 아니고 사전심사를 거치지 않더라도 사업자의 판단으로 세액공제 대상으로 신고할 수 있다.

사전심사는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전 까지 홈택스(PC), 우편, 방문접수 등을 통해 신청할 수 있고 R&D 세액공제 신청 누락분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.

R&D를 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목만을 신청할 수 있으며 금액 제한도 없다.

신청할 때는 ▲R&D 세액공제 사전심사 신청서 ▲R&D 명세서 ▲R&D 보고서 등 세액공제 대상임을 증명할 수 있는 서류를 제출해야 한다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분된 경우 과소신고가산세가 면제된다.
  
단, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.

국세청에 따르면 지난해 기업 1500여곳이 R&D 세액공제 사전심사를 신청했다. 국세청에선 세금을 아껴보려는 수요가 올해 더 늘 것으로 예상, 지방청 내에 사전심사 전단팀을 새로 만들었다.

전담팀에선 중소기업·개인사업자에 대한 사전심사를 실시하고, R&D 공제 관련한 세무상담 등 자문서비스를 제공한다. 본청은 일반기업·중견기업에 대한 심사업무를 맡는다.

국세청 관계자는 "지난해까지는 본청에서 사전심사를 전담했으나 올해부터는 중소기업은 지방국세청,일반·중견기업은 본청에서 사전심사를 진행해 보다 신속한 심사결과를 제공할 예정"이라고 밝혔다.