국세청은 지난해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행하고 있다. 특히 올해부턴 R&D 세액공제 신청에 어려움을 겪는 사업자들을 돕고자 각 지방국세청에 전담팀을 만들었다. 국세청은 "법인세(소득세)를 신고하기 전 사전심사를 통해 세무상 불확실성을 해소함으로써 조세절감 효과 등을 느낄 수 있다"고 했다.
국세청은 18일 R&D 세액공제 사전심사제 관련한 주요 문의 사항을 정리해서 발표했다.
Q. 사전심사 제도는 의무사항인가?
A. 강제 사항은 아니다. 사전심사 제도는 사전심사를 신청한 사업자에 대해 성실신고를 지원해주기 위해 도입된 제도다.
Q. 본청과 지방청의 업무 구분은 어떻게 하나?
A. 본청은 일반·중견기업에 대한 심사업무·재심사업무를 하며, 지방청은 중소기업·개인사업자 심사업무, 중소기업 세무상담 등 지원업무를 하고 있다.
Q. 지방청에 사전심사 전담팀이 신설된 이유는 무엇인가?
A. 사전심사 신청이 증가함에 따라 중소기업에 대한 사전심사를 보다 신속하게 실시해서 성실신고를 지원해주기 위해서다.
Q. 신고내용 확인, 감면 사후관리 및 세무조사와는 어떤 차이가 있나?
A. 사전심사는 과세 목적이 아닌 사업자 친화적 조세행정을 구축해서 사업자의 불확실성 해소 및 납세협력비용을 완화하는 제도다. 관련 서류는 성실신고 지원 이외의 다른 목적으로 사용되지 않는다.
Q. 예상 처리 기간은?
A. 특별한 사유가 없는 한 2주 내 처리 예정이나, 법인세 신고기한인 3월에 신청이 집중될 경우 불가피하게 지연처리될 수 있다.
신고기한까지 처리되지 않는 경우, 공제받지 못한 신청인에 대해서는 심사결과에 따라 경정청구를 안내해서 신청인의 불편을 최소화할 예정이다.
Q. 기술검토는 전문가가 검토해야 할 것으로 보는데 기술 심사는 어떻게 진행하고 있나?
A. 현재 산업분야별 임기제 5명을 채용해서 연구･개발활동에 대해기술심사를 하고 있다.
또한, 기술보증기금과 업무협약을 맺어 다양한 부분에 대해 기술심사 지원을 받고 있다.
Q. 고도의 기술관련 서류가 접수되는데 이에 대한 보안관리는 어떻게 하나?
A. 국세청에서는 회사에서 제출한 기술 정보에 대한 접근 권한을 심사부서 담당자로 제한하고 엄격한 내부통제를 통해 철저히 관리·감독하고 있다.
심사시 회사가 제출한 연구 관련 자료의 내용을 구체적으로 확인하는 것은 지양할 것이다.
신청인은 기술의 세부사항에 대한 자료를 제출할 필요없이 심사담당자가 세법에 따른 요건에 맞는지 여부만을 판단할 수 있는 최소한의 자료만 제출하면 된다.
Q. 현장확인은 필수사항인가?
A. 그렇지 않다. 사전심사 제도는 원칙적으로 신청인이 제출한 서류를 바탕으로 비대면 서면심사로 진행한다.
다만, 현장을 보지 않고서는 사실관계를 확인할 수 없는 부득이한 경우에 한해 신청인과 협의를 통해 최소한으로 현장확인을 실시할 예정이다.
Q. 제도시행이 1년이 되었는데, 제도의 취지대로 원활히 운영되고 있나?
A. 많은 사업자가 사전심사 신청을 하여 세액공제 여부에 대한 불확실성을 해소해서 제도의 혜택을 받고 있다.
올해부터는 지방청 전담팀에서 중소기업(개인사업자 포함)에 대한 사전심사를 신속하게 진행해서 기업이 연구개발 활동에 전념하도록 지원하고 있다.
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