말도 많고 탈도 많은 연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 국세청이 사전에 확인해주는 제도가 시행되면서 앞으로 공제를 잘못 받아 세금을 토해내는 일이 없어질 것으로 전망된다.

국세청은 올해부터 R&D 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

R&D 세액공제 제도란 과학적 진전이 있다거나, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도로 매년 세액공제 규모가 늘어나고 있다.

문제는 R&D 세액공제가 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당 여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많기 때문에 추후 가산세 등의 세금문제가 발생하는 경우가 많다.

예를 들어 홍보, 영업, 고객대응 등의 업무를 겸직하는 연구원의 인건비를 공제하거나 연구개발비 중 안전·보건관리 용역 비용을 세액공제하는 사례, 국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하면서 세액공제를 받는 사례 등이다. 이 사례 모두 공제가 불가능하다.

◆…타 업무를 겸직하는 연구원의 인건비 공제한 사례.

국세청이 공개한 추징사례에 따르면 법인 AA의 연구원은 홍보·영업을 겸직하는 등 연구를 전업으로 하지 않았지만 법인 AA는 모든 연구원의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제 수십억원을 신고했다.

국세청은 연구원 몇 명이 연구와 직접 관련이 없는 업무를 겸직했으며 법인 AA는 쟁점 연구원을 한국산업기술진흥협회에 연구원으로 등재하지 않을 것을 확인해 과다공제액 수억원을 경정·고지했다.

◆…공동연구개발 비용 중 일반적인 관리·지원 용역과 관련된 비용 공제한 사례.

법인 BB의 경우 연구기관 CC와 공동연구개발을 진행하면서 발생한 비용 중 안전·보건관리 용역 비용을 세액공제 대상(공동연구개발 비용)으로 보아 세액공제를 신고했다. 하지만 국세청은 안전·보건관리 용역 비용은 연구개발이 아닌 일반적인 관리 및 지원활동에 해당한다고 보고 수십억원을 경정·고지했다.  

사전심사는 R&D 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있으며 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며 금액제한은 없다.

신청기한은 법인세·소득세 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며 법인세·소득세 신고 시 R&D 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능하다.

납세자가 사전심사를 신청하면 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀에서 전담해 신청한 연구·인력개발비를 기술 및 비용 측면에서 검토하게 된다.

연구·인력개발비는 '신성장동력·원천기술 연구개발비'와 '일반 연구·인력개발비'로 구분되며 일반 연구·인력개발비 보다 세제상 혜택이 큰 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사한다.

심사는 서면심사로 진행하며 심사 담당자는 신청인에게 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고 R&D 세액공제에 대한 컨설팅을 제공할 예정이다. 심사결과에 이의가 있는 경우 재심사 청구가 가능하다.

다만 의무적으로 신청해야하는 것은 아니며 사전심사를 받지 않더라도 세액공제 신고는 가능하다.

사전심사는 신청인이 심사 결과에 따른 세액공제 금액을 반영해 신고한 경우 신고내용 확인이나 감면사후관리 대상에서 제외된다. 심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 심사대상 연도에 대한 과소신고 가산세는 면제된다.