내년부터 중소기업에 대한 투자세액공제 혜택 폭이 늘어나고 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상 업종이 확대되는 등 중소기업 활력제고를 위한 세금혜택이 크게 확대된다. 

내국법인의 벤처기업 출자에 대한 과세특례 적용기한이 연장되며, 특히 제조업 경쟁력 강화를 위해 내국법인이 소재·부품·장비 전문기업에 출자하거나 인수하는 경우 과세특례가 허용된다.

국회는 10일 본회의를 열고 이 같은 내용 등의 '조세특례제한법 개정안'을 표결처리했다.  

내년부터 상생지역일자리에 참여하는 중소기업과 규제자유특구의 중소기업들이 사업용 자산에 투자할 경우 각각 10%, 5%의 투자세액공제를 받을 수 있다. 현행 투자세액공제율은 둘 다 3%다.

수도업, 환경 정화 및 복원업, 회사 본부 및 경영 컨설팅 서비스업 등은 소득세 및 법인세 감면 적용 대상업종에 추가된다.

상생협력 기금출연 등에 대한 세액공제 적용기한은 2022년 12월31일까지 3년 연장된다. 공제 대상에는 중소기업 사내근로복지기금에 대한 출연금도 추가된다.

중소기업창업투자회사 등이 유상증자 시 증자대금을 납입한 후 일정기간 내 타인 소유의 주식을 취득하는 경우에도 양도차익 등 비과세 특례가 적용되고, 내국법인이 벤처기업 등에 출자 시 출자금액의 5%를 세액공제하는 특례의 적용기한은 2022년 12월31일까지로 3년 연장된다.
 
아울러 내국법인의 소재·부품·장비전문기업에의 출자·인수에 대한 과세특례가 신설된다.
 
구체적으로 둘 이상의 내국법인이 공동인력·연구개발 및 공동시설투자를 위해 2022년 12월31일까지 소재·부품·장비 관련 기업의 주식이나 출자지분을 취득하는 경우 출자금액의 5%를 세액공제한다.

또 내국법인(대기업)이 소재·부품·장비 관련 외국법인을 인수하는 경우 인수금액의 5%가 세액공제 된다. 인수자가 중견기업의 경우에는 7%, 중소기업의 경우에는 10%로 공제율이 각각 증가한다.

벤처기업 우수 인재 유입 촉진을 위해 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례를 벤처기업의 임원 또는 종업원이 코넥스상장 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권 행사이익에 대해서도 적용되고, 비과세 한도액은 2000만원에서 3000만원으로 상향 조정된다.

적용기한도 2021년 12월31일까지 1년 연장된다.

조세감면의 목적달성 여부를 진단하고 제도의 운영성과를 면밀히 평가하기 위해 2021년 12월31일까지 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례가 적용된다. 산업재산권 현물출자 이익에 대해 과세이연을 받을 수 있는 특례는 2020년 12월31일까지 적용된다.

소재·부품·장비와 관련된 외국인기술자에 대해선 세금혜택이 팍팍 주어진다.

소재·부품·장비 관련 외국인기술자가 2022년 12월31일 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공한 경우 최초 3년간 소득세의 70%을, 그 다음부터 2년간은 소득세의 50%를 감면해 준다.

아울러 해외거주 우수 내국인 인재의 국내 복귀를 지원하기 위해 국외에서 5년 이상 거주하면서 연구 및 기술개발 경험을 가진 내국인 우수 인력이 국내 연구기관 등에 취업해 받는 5년간의 근로소득에 대해선 소득세 50%를 감면해 준다.

코넥스 시장에 상장된 벤처기업에 대해서도 전략적 제휴를 위한 주식교환 등에 대한 경우 양도소득세 과세 이연이 적용된다.

생산성향상시설 투자에 대한 세액공제율은 현행 대기업 1%, 중견기업 3%, 중소기업 7%에서 2%, 5%, 10%로 각각 상향 조정된다. 단 대기업은 1년 간, 중소·중견기업은 2년 간만 적용된다. 국민 안전과 직접적 관련성이 적은 시설은 안전설비 투자 세액공제 대상에서 제외된다.

영상콘텐츠 산업 지원을 위해 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제(대기업 3%, 중견기업, 5%, 중소기업 10%) 적용기한은 2022년 12월 31일까지로 3년 연장되고 범위가 오락 프로그램 및 소재 제한 없는 다큐멘터리 등으로 확대된다.

올해 일몰 예정이었던 의약품 품질관리 개선시설 투자에 대한 세액공제(대기업 1%, 중견기업 3%, 중소기업 6%)의 적용기한은 2021년 12월31일까지로 2년 연장된다.