국세청이 소득세 신고 안내 책자를 잘못 발행, 248억원이 넘는 세금을 허공에 날린 것으로 드러났다.

감사원이 지난 23일 공개한 국세청 기관운영감사 공개문에 따르면 2006년 소득세법 개정으로 복식부기의무자가 대차대조표 등 서류를 첨부하지 않으면 중소기업 특별세액감면을 받을 수 없게 됐다.

하지만 국세청이 2010년 귀속 신고안내 책자를 통해 중소기업에 대한 특별세액감면 부분에서 '추계신고 시에도 적용 가능'이라고 기재, 납세자가 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계신고해도 세액감면을 받을 수 있는 것으로 오인하게 만들었다.

지난 2016년 귀속 신고안내 책자를 제대로 발간하기 전까지 10년 동안 안내책자를 수정해 발간하면서도 이 부분을 수정하지 않은 채 방치했던 것으로 나타났다. 

이번 감사기간 중 2013년~2016년 종합소득을 추계신고한 복식부기의무자의 1만1212명의 신고내역을 분석한 결과 4690명은 감면을 받았으며 1000만원 이상 감면을 받은 납세자도 1117명(감면액 248억원)이나 됐다.

국세청은 조세심판원 심판청구에 대한 대응도 부실하다는 지적을 받았다.

지난 2016년 보령세무서에서 종소세를 추계신고한 A사업자에 대한 중소기업 특별세액감면을 배제하고 세금을 부과한 것에 대해 A사업자가 불복을 제기하며 국세청 안내 책자에도 감면이 가능하다고 기재되어 있다고 주장했다.

하지만 국세청은 이에 제대로 대응하지 않았고 "이를 추징한 사례가 없다"는 입장만 되풀이 했던 것으로 드러났다. 결국 심판원은 책자에 기재된 내용과 이를 추징한 사례가 없었다는 것을 감안해 이 자체가 납세자에게 비과세 관행으로 받아들여졌다며 A사업자의 손을 들어줬다.

이 결정으로 이미 248억원을 감면받은 1117명에 대해서도 추징이 불가능하게 됐다.

감사원은 국세청에 앞으로 이런 일이 발생하지 않도록 업무를 철저히 하라고 촉구했다.