국세청이 '명의대여 병원'에 대해 부가가치세를 부과하지 않아 감사원으로부터 주의 조치를 받았다. 명의대여 등 의료법을 위반한 의료기관은 일반 의료기관과 달리 부가가치세 면세 대상이 아니라는 것을 간과한 것이다.

23일 감사원은 지난 3월25일~4월19일 국세청에 대한 기관운영감사를 실시한 결과 이 같은 내용을 포함한 총 31건의 위법·부당사항 또는 불합리한 세법규정 등이 확인됐다고 밝혔다. 

감사원 보고서에 따르면 국세청은 A에 대한 개인통합조사를 실시하면서 A가 서울에 이미 병원을 운영하고 있고 총 21명의 봉직의사를 고용해 이들 명의로 전국적으로 21개 병원을 운영하고 있는 사실을 확인했다.

현행 의료법에 따르면 의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없다. 아울러 의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역은 부가가치세 면세 대상이지만 명의대여 병원 등에서 제공된 의료보건용역은 부가가치세 면세 대상이 아니다.

하지만 국세청은 A가 명의대여로 개설한 병원들을 모두 의료인이 제공한 의료용역으로 잘못 판단해 2012년 이후 수입금액에 대한 부가가치세를 부과하지 않고 그대로 세무조사를 종결했다.

이에 따른 부가가치세(가산세 포함, 올해 3월31일 기준) 미징수액만 3억2000만원.

감사원은 보고서를 통해 의료법을 위반해 의료기관을 중복 운영한 A에 대해 법에 따라 2012년 2기분 부가가치세를 징수결정하는 방안을 마련하고 앞으로 부가가치세 면세 대상이 아닌 명의대여 등 의료법을 위반한 의료기관에 대해 부가가치세 부과를 누락하는 일이 없도록 관련 업무를 철저히 할 것을 촉구했다. 

한편 감사원은 주식 명의신탁으로 과세된 증여세를 보유 중인 주식으로 물납하고 이에 대한 양도소득세를 미납한 이들을 꼼꼼히 살펴볼 것을 주문했으며, 양도한 증여재산을 과소평가해 증여세가 부족하게 징수된 부분을 지적하기도 했다.