◆…결손보전 시 익금불산입(수익금액 제외)하는 자산수증이익에 국고보조금 등은 제외된다. (사진 클립아트코리아)

현재 진행하고 있는 공익사업 등을 이유로 국조보조금을 받은 기업이, 이를 과거 발생한 결손금(세법상 공제기간이 지난 이월결손금)을 메우는데 사용하는 이른바 '퉁치기'를 통한 꼼수 절세가 앞으론 허용되지 않는다.

과거 사업에서 손실 난 부분을 국고보조금으로 상계시켜 자연스레 현재 공익사업은 마이너스(손실) 실적이 되면서, 또 다른 공제혜택을 받을 수 있는 길이 열리는 '이중 세제지원' 소지가 있다는 지적에 따른 것이다.

국고보조금 특례 체계 고친다

25일 기획재정부가 발표한 '2019년 세법개정안'에 따르면, 기업(개인 포함) 소득금액 계산시 무상(無償)으로 받은 자산을 이월결손금을 메우는데 사용하면 수익금으로 잡지 않을 수 있는데(익금불산입 자산수증이익), 앞으로 세법상 공제기간이 지난 이월결손금을 익금불산입하는 범위에 국고보조금은 제외된다.

기재부 관계자는 "국고보조금은 공익사업 수행을 지원하기 위해 지급하는 것으로, 해당 기업의 결손을 보전하기 위한 목적이 아니다"라며 개정 취지를 설명했다.

국고보조금으로 사업용 자산을 취득하고 즉시 손금산입이 가능하고, 특정사업 손실보전 시에도 손실과 상계되어 과세문제가 발생하지 않는다. 이 때 익금(수입금액)불산입까지 적용된다면 이중지원 소지가 다분하다는 것이 기재부의 입장.

다만 소규모 자영업자의 경영상 어려움을 감안해 개인사업자의 경우 복식부기의무자(업종별 수입금액 7500만원~3억원 이상으로 복식부기에 따라 장부를 작성하는 개인사업자)에 한해 이월결손금 보전에 사용한 국고보조금 등은 제외된다.

벤처기업 주식매수선택권(스톡옵션) 행사이익(3년간 5억원 이하)에 대해 양도시까지 과세이연 해주는 과세특례 적용기한을 내년 말까지로 정했다. 제도의 효과성을 따지고자 적용기한을 설정한 것이다. 산업재산권 현물출자 이익에 대한 과세특례(출자로 취득한 주식 양도 시까지 과세이연)도 같은 이유로 적용기한을 내년 말까지로 정했다.

투자상생협력촉진세제 적용대상에 '대통령령으로 정하는 중소기업·비영리법인 및 유동화전문회사' 등은 제외된다.

리스이용자에 대한 기업회계 기준 변경과 상관없이 종전 감가상각 방식을 유지한다. 금융리스는 리스이용자의 감가상각 자산으로 처리되며, 운용리스는 리스회사의 감가상각 자산으로 처리된다.

세액공제 받는 연구개발 비용 범위 명확해진다

◆…앞으로 기업부설연구소 등 연구인력 전담부서가 인정 취소될 경우 연구개발(R&D) 비용 세액공제 대상에서 배제된다. (사진 클립아트코리아)

현재 세액공제가 적용되는 연구개발(R&D) 비용으로 인정되는 범위에 '기업부설연구소 및 연구인력 전담부서의 인건비'가 들어가는 있는데, 이러한 공제혜택을 배제하는 근거가 명확해진다.

개정안에 따라, 기업부설연구소 또는 연구 인력 전담부서가 인정 취소된 경우 '인정취소일이 속하는 과세연도부터 공제가 배제'된다.

고용증대세제 공제금액에 대해선 '각 공제금액(청년, 청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도'로 명시했고, 사후관리 중 상시근로자 수 감소 기준연도를 '공제받은 과세연도'로 고쳤다.

행정중심복합도시 등 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례(5년 간 소득·법인세 50% 감면)는 없어진다. 2017년 행정중심복합시설과 혁신도시가 준공되면서 정책목적이 달성됐다는 게 이유다.

첨단의료복합단지 입주기업에 대한 세액감면(소득·법인세 3년 간 100%, 이후 2년 50%) 적용기한은 2021년 말까지 연장된다.

신용카드매출전표, 현금영수증 등 정규증빙을 수치하지 않았을 때의 가산세 대상금액이 '미수취 등 금액 중 손금·필요경비로 인정되는 금액의 2%'로 종전보다 명확해진다.

자녀세액공제 대상에 '7세 미만의 취학아동'은 제외된다. 아동수당과의 중복 적용을 배제하기 위함이다.

세금우대저축자료 집중기관의 자료 보유기간이 해지 다음연도부터 3년에서 5년으로 연장된다. 기재부는 "경정청구 기간(5년) 등을 감안해 납세자료 이용편의 제공하기 위해서"라고 했다.

현금영수증가맹점 의무가입기한은 해당일로부터 30일 이내(현 3개월 이내)로 줄어든다. 단, 수입금액이 연 2400만원 이상으로 의무가입대상이 된 경우는 현재 규정을 따른다.