특정시설에 대한 투자세액공제 대상되는 시설 범위에서 실효성이 낮은 부분은 제외되고 '신성장산업'과 관련된 시설이 더 추가된다.

또 제약사나 바이오기업이 해외에서 임상3상을 진행할 경우 연구개발에 대한 세액공제 혜택을 받게 된다.

기획재정부는 13일 이 같은 내용의 '2018년도 개정세법 후속 시행규칙 개정안'을 발표했다. 이 시행규칙은 입법예고, 부처협의, 법제처 심사 등을 거쳐 오는 3월 공포·시행된다.

개정안에 따르면, 특정시설 투자세액공제 대상시설에서 초고온 공랭식 넌씰 캔트 모터 펌프, 압축공기제습장치, 스프링쿨 시스템 등이 없어졌다.

대신 신성장시설은 공제대상에 더 들어갔다.

에너지절약시설에는 수소 생산·압축·저장시설이, 안전시설은 유해화학물질 처리시설, 보일러 압력 방출용 안전벨브 등이, 생산성향상시설로 OLED 디스플레이 생산시설, AI 구현을 위한 HW, 산업용 3D 프린터 등이 추가됐다.

에너지절약시설, 생산성향상시설은 투자금액의 최대 7%(중소기업)를 세액공제 받을 수 있다. 대기업은 1%, 중견기업은 3%다.

안전시설의 경우엔 각각 대기업 1%, 중견 5%, 중소 10%의 공제율이 적용된다. 

신성장기술 사업화시설 투자세액공제 대상이 되는 범위가 80개에서 102개 시설로 늘었다. 전기차용 초고속·고효율 무선충전 시스템 제조시설 등 신규기술 관련 시설 15개, 생산설비를 원격으로 제어하는 개방향 제어기 제작시설 등 기존 기술 관련 시설이 7개 추가됐다.

현재 신약의 임상 1상·2상 해외 위탁·공동연구개발비만 '신성장 연구개발비' 명목으로 세액공제(대·중견 20~30%, 중소 30~40%)를 받을 수 있는데, 앞으로는 3상(다수 환자 대상 약효, 장기적 안정성 등 종합적 검사) 시험 비용도 세액공제가 가능하다.

생산성향상 인력개발비 범위에 소프트웨어, 보완 관리 등 4차 산업혁명 인력 개발비도 포함된다. 중소기업의 경우 이 개발비에 대해 25%(대기업 0~2%, 중견 8~15%)의 세액공제를 받을 수 있다.

신성장기술 연구개발비 세액공제 요건에서 연구개발 공통비용(재료비 등)은 전담 연구인력 인건비를 기준으로 일반·신성장 연구개발비로 안분해 세액공제가 적용된다.

연구·인력개발비 세액공제 사후관리 요건은 촘촘해졌다. 연구개발계획서·연구개발보고서·연구노트(신설)를 작성·보관하고, 연구과제 총괄표(신설)를 제출해야 한다.

연구개발비 세액공제 대상(연구인력 범위)에 '산업디자인법상 디자인 전문회사의 연구업무에 종사하는 디자인 전문인력'도 포함된다. 

비농업인 지배 농업회사법인의 농업생산과 관계없는 업종 소득은 감면이 배제된다. 총출자액이 80억원을 초과하는 농업회사법인으로, 비농업인 지분율이 50%를 넘긴 법인에 한해서다. 감면배제 업종으로는 서비스업(작물재배 관련 제외), 도·소매업이다.

투자·상생협력촉진세제를 적용할 때 공적자금의 상환과 관련해 지출하는 금액은 과세대상 기업소득에서 빼준다. 수협은행이 공적자금을 상환하기 위해 수협중앙회 신용사업특별회계에 배당하는 금액도 새로 포함된다. 

위기지역 창업(사업장 신설 포함)기업 세액감면 한도를 계산할 때 필요한 사업용 자산의 범위는 '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산, 건설 중인 자산, 무형고정자산(영업권, 특허권 등)'으로 정해졌다.

유턴기업 세액감면기준에서 해외사업장 실질적 지배의 판단 기준은 ▲주식, 출자총액의 30% 이상을 소유하거나 ▲대한민국 국민(법인)이 실질적으로 사업체의 의사 결정에 영향을 미치는 지위(대표, 최대주주 등)일 때로 규정했다.

증권거래세가 면제되는 연기금의 차익거래(주식의 현물과 선물의 가격 차이가 커질 때 그 차액을 얻기 위한 수익거래) 요건은 차익거래 전용계좌를 통해 매매하거나, 차익거래 관련 자료를 보관했을 때다.

이 밖에 청년우대형 주택청약종합저축 소득요건(총급여 3000만원 이하) 충족여부와 관련해 국세청장의 통보결과에 대한 의견제시 절차가 만들어졌다.

저축 취급기관은 국세청장에게 통보 받은 날로부터 14일 이내에 해당 가입자에게 그 내용을 통보해야 하며, 해당 가입자가 이 내용에 이의가 있다면 2개월 이내에 관할 세무서장에게 의견서를 제출하면 된다.