6개월 이상 육아휴직을 한 근로자의 복귀를 허용한 기업은 이들 근로자들에게 지출한 인건비에서 일정 부분을 세액공제 받을 수 있다.

또 청년 정규직을 고용하는 모든 기업에 대해 공제금액이 1인당 100만원씩 오른다.

국회는 지난 8일 본회의를 열어 이 같은 내용의 '조세특례제한법 개정안'을 표결처리했다.

개정안에 따르면, 중소·중견기업의 남녀 근로자가 6개월 이상 육아휴직을 한 뒤 복귀할 경우 1년 간 인건비에 대해 세액공제 혜택을 주는 규정이 신설된다. 육아휴직을 쓰고도 1년 이상 계속 근무할 수 있도록 유도하기 위해서다.

인건비에 대한 세액공제율은 10%(중견기업 5%)다.

또한 고용증대세제와 관련해 청년친화기업에 대한 추가 공제(500만원)는 없어졌다. 대신 청년 정규직을 고용하는 모든 기업에 대해 공제금액을 1인당 100만원씩 올려 최대 1200만원까지 받을 수 있게 했다.

고용을 늘린 기업에 대한 세액공제 적용기간은 중소·중견기업은 2년에서 3년으로, 대기업은 1년에서 2년으로 각각 연장된다.

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면신청 절차는 바뀌었다. 앞으로 퇴직자의 경우 세무서장에게 직접 감면을 신청할 수 있도록 했다. 또 60세 이상인 사람, 경력단절 여성·장애인인 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용기한은 2021년 말까지 연장된다.

비정규직 근로자를 정규직으로 전환한 경우 중소·중견기업에 적용하는 세액공제 적용기한이 2019년 말까지 연장된다. 전환대상자는 2018년 11월말 당시 고용하고 있는 기간제·단시간 근로자다. 

상시근로자 수를 유지한 중소기업에 적용하는 과세특례 적용기한은 2021년 말까지 연장되고, 위기지역에 사업장이 있는 중견기업까지도 적용대상에 포함된다.

고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 적용기한은 2021년 말까지 3년 더 연장되고, 신규가입자에 대한 사회보험료 세액공제 적용기한도 내년 말까지 연장된다.

무역조정 지원기업이 사업용 고정자산을 양도하고 전환사업의 고정자산을 취득하는 경우 양도차익에 대해, 과세를 이연하는 특례의 적용기한을 2021년 말까지 연장된다.

금융채무 상환을 위한 자산양도에 대한 과세이연, 채무인수·변제에 따른 채무면제익에 대한 과세이연 등 재무구조개선계획에 대한 과세특례 적용기한은 2021년 말까지 연장된다.

지주회사 설립·전환 시 주식 양도차익에 대한 과세특례 적용기한은 2021년 말까지 연장되고, 내국법인의 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례도 3년(2021년 말까지) 더 이루어진다.

전략적 제휴 목적의 주식교환 등으로 발생한 양도차익에 대해 제휴법인이 주식을 처분할 때까지 양도소득세 과세를 이연 받을 수 있다. 이 특례의 적용기한은 2021년 말까지 연장됐다.

또한 벤처기업 등의 주식을 매각한 후 벤처기업 등에 재투자한 경우도 재투자한 주식을 양도할 때까지 양도소득세의 과세를 이연 받을 수 있다. 특례는 2021년 말까지 적용되며, 재투자 규모는 50%로 하향 조정됐다.

합병에 따라 중복자산을 양도하는 경우 그 양도차익에 대해 발생하는 익금에 산입하지 않아도 되는 특례도 2021년 말까지 연장됐다. 공급과잉 산업의 구조조정을 지원하기 위해서다. 

금융기관이 부실금융기관으로부터 인수한 부채에 대한 손급산입을 허용하는 특례는 2021년 말까지 연장된다.

자산운용 전문인력 등을 상근으로 두고 자산의 투자·운용을 직접 수행하는 자기관리 부동산투자회사의 주택임대소득에 대한 소득공제의 적용기한도 2021년 말까지 연장된다.