올해부터 종교인 소득에 대한 과세제도가 시행됨에 따라, 종교단체는 소속 종교인에게 준 개인별 소득내역을 담은 지급명세서를 연 1회 관할 세무서에 제출해야 한다. 지급명세서를 제출하지 않았다면 가산세를 물린다. 다만, 세무신고를 제때 하지 않았을 때의 배려가 이루어진다. 지급명세서 제출 불성실 가산세 부과시점이 내후년부터 작동되기 때문이다. 

19일 국회 기획재정위원회 조세소위원회(이하 조세소위)에 따르면 조세소위 소속 여야 의원들은 이 같은 내용의 '소득세법 개정안'을 통과시키는데 잠정합의했다.

현재 종교인소득을 지급하는 종교단체는 소속 종교인에게 매년 지급한 소득에 대한 지급명세서를 2019년 3월 11일까지 관할 세무서에 제출해야 한다. 지급명세서를 기한 내 제출하지 않으면 지연제출시 0.5%의 가산세를, 미제출·불분명 지급금액 1%의 가산세가 부과된다.

당초 정부안은 지급명세서 제출불성실 가산세 부과 시점을 1년 유예, 내년 1월 1일 이후 발생한 소득 분부터 적용하기로 했다.

그러나 세법심의 과정에서 "종교인소득 과세의 제도적 정착을 위해 최소한의 예외를 인정할 필요성이 있다"는 지적이 커지면서, 지급명세서 제출불성실가산세의 한시적 적용 유예기간을 2년으로 늘리기로 한 것이다. 쉽게 말해, 2020년부터 지급되는 종교인 소득분부터 적용한다는 소리다. 

그간 종교단체가 지급한 종교인소득에 대해 내년 초에 처음으로 지급명세서를 작성·제출하는 과정에서 제도 미숙지로 인해 명세서를 기간 내 제출하지 못하거나 잘못 작성할 수 있다는 우려가 많았다. 게다가 개척교회, 말사 등 종교인이 직접 신고를 해야하는 영세 종교단체의 경우 명세서 작성에 따른 부담이 상당할 수 있다는 부분도 문제점으로 꼽히기도 했다.