앞으로 고가 1주택 보유자와 조정대상지역 내 일시적 2주택자에 대한 세제혜택이 축소된다.

정부는 16일 국무회의에서 이 같은 내용의 종합부동산세법조세특례제한법 시행령 개정안을 의결했다.

정부 관계자는 "이번 개정안은 9.13주택시장 안정대책에 따라 투기억제, 실수요자 보호, 맞춤형 대책 등의 원칙에 입각했다"며 "1세대1주택자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하고 주택임대사업자에 대한 과도한 세제혜택을 조정했다"고 밝혔다.

개정안에 따라 앞으로는 실거래가 9억원을 초과하는 고가 주택 보유자는 2년 이상 거주해야만 장기보유특별공제가 적용된다. 거주 기간이 2년 미만이면 15년을 보유해도 양도소득 금액을 최대 30% 받는다. 지금까지는 거주 기간 요건 없이 10년 이상 보유한 경우에는 80%까지 공제됐다.

다만 1년 동안 적용유예 기간을 둔다.

1주택자의 신뢰이익을 보호한다는 차원에서다.

2020년 1월 이후 양도하는 주택부터 바뀐 세법이 적용된다.

일시적 2주택자에 대한 혜택도 줄어든다. 조정대상지역에 집이 있는 상태에서 조정대상지역에 신규 주택을 마련(9월14일 이후 취득)하는 경우, 기존 주택을 2년(종전 3년) 이내에 팔아야 양도세를 비과세 받을 수 있다.

1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역 내 주택을 올해 9월14일 이후 취득해서 장기임대주택으로 등록한 경우 조정대상지역 다주택자에 대한 양도소득세 중과 규정이 적용된다. 2주택자는 일반세율에 10%p, 3주택 이상자는 일반세율에 20%p가 중과된다.

단 9.13주택시장 안정대책이 발표되기 이전 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리(분양권 등)를 취득했거나, 주택을 취득(또는 취득할 수 있는 권리)하기 위한 매매계약 체결하고 계약금을 지급했다면 이전 규정을 적용받는다.

또 다주택자가 조정대상지역으로 지정되기 전 주택 양도를 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급 받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우는 양도세 중과 대상에서 제외된다.

1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역에 새로 취득한 주택은 임대 등록(9월14일 이후부터)을 하더라도 종합부동산세 합산 과세대상이 된다. 종전까지는 8년 장기 임대 등록한 주택(공시가격 수도권 6억원.비수도권 3억원 이하)에 대해 종부세가 비과세됐다.

장기일반민간임대주택·공공지원민간임대주택을 10년 이상 임대해준 후 양도하는 임대사업자에 대해 양도세의 100%를 감면해주는 과세특례는 올해를 끝으로 사라진다. 올해 말까지 취득하고 취득일부터 3개월 이내 임대 등록하는 분에 한해서만 적용된다.

비과세 혜택이 폐지되더라도 8년 이상 임대 뒤 양도하면 50%의 장특공제율을 적용하고, 10년 이상 임대 시 70%가 적용된다. 다만, 주택가액기준을 신설(수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하 주택만 허용)하면서 공제요건을 까다롭게 했다.