과세관청이 차세대 전산시스템 구축을 위해 투자한 A은행의 연구·인력개발비(R&D)세액공제를 인정하지 않고, 법인세를 경정·고지한 사건이 있어 눈길을 끌고 있습니다.

과세관청은 왜 이런 결정을 내렸을까요?

현행법은 연구·인력개발비 세액공제 제도를 통해 각종 개발에 투입된 일정 비용을 세금으로 공제해 주고 있습니다.

기업들의 원활한 연구개발 활동을 돕기 위함인데요. 다만 해당 업체가 직접 개발에 착수한 비용에 대해서만 공제를 허용하고 있습니다.

고객들에게 더 나은 서비스를 제공하기 위해 시스템 관련 전문 업체에 위탁 개발을 의뢰한 A은행.

A은행은 해당 업체의 지불한 연구용역비를 조세특례제한법 상 R&D세액공제 대상으로 판단, 세액공제를 신청했습니다. 

하지만 국세청은 소규모 ERP개발비용의 경우 세액공제 대상에서 제외 되는 것으로 보고 해당 은행의 세액공제를 인정하지 않은 채 곧바로 법인세를 경정·고지했는데요.

금융환경 변화에 대응해 고객에게 새로운 서비스를 제공하기 위한 목적으로 투자한 비용임에도 세액 공제해 주지 않겠다는 통보에 깜짝 놀란 A은행은 결국 과세에 불복, 조세심판원의 문을 두드렸습니다.

A은행은 전산망 업그레이드를 위한 개발비용을 지불했음에도 연구·인력개발비 세액공제혜택을 거부한 과세관청의 처분은 절차상 중대한 하자가 존재하므로 취소되어야 한다고 주장했습니다.

하지만 과세당국은 "법령상 서비스 분야의 R&D활동은 자체적으로 지출한 연구개발 비용에 대해서만 세액공제 대상으로 한정하고 있다"고 선을 그었습니다.

조세심판원의 판단은 어땠을까요?

심판원은 2010년 조특법 시행령 개정 시 'ERP 시스템' 개발을 위한 위탁비용은 세액공제 대상에서 제외한다고 규정한 것으로 나타나는 등 해당 처분은 문제없다는 판단을 내렸습니다.

심판원은 결정문을 통해 "A은행은 법령상 공제요건과 달리, 전산망 업그레이드를 위해 개발전문 업체에 용역을 의뢰해 연구개발비를 지불한 내역이 확인 된다"고 말했습니다.

심판원은 또 "중소기업들이 소규모로 투자하는 ERP 개발 비용에 대해서도 세액공제를 모두 배제하고 있다"며 "중소기업들과의 조세형평을 감안할 필요성 등에 비춰 과세관청이 연구·인력개발비 세액공제를 거부한 처분은 잘못이 없다"고 덧붙였습니다.

[참고 심판례 : 조심2015서5333]