대법원은 최근 중복세무조사 금지의 예외사유인 '하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 관련하여 잘못이 있는 경우'에 해당하려면 이를 뒷받침할 만한 구체적인 자료가 세무조사 개시 당시에 확보되어 있어야 한다고 판단하였다.

납세자에 대한 세무조사는 과세권 행사의 중요한 수단이지만 세무조사가 제한 없이 반복적으로 이루어지면 납세자의 경제활동에 큰 지장을 받을 가능성이 높고, 세무조사권이 남용될 위험이 있다. 이에 우리 세법은 중복세무조사 금지 규정을 두고 있다.

과세관청은 조사기법을 선진화시켜 납세자의 기본권 침해를 가급적 최소화하면서 세무조사권을 행사할 수 밖에 없다. 다만 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우에는 재조사가 가능하도록 하고 있다. 이러한 예외적인 중복조사의 허용 사유 및 범위는 엄격하게 해석하여야 한다고 보고 있다.

이 사건에서 등기이사이자 대주주가 수 년간 상당한 금액의 성과상여금을 받아 왔다. 세법에서는 주주총회의 결의 등으로 정한 기준에 따라 지급하는 임원상여금에 한해 비용으로 인정하고 있다. 이 사건은 이러한 요건을 충족하였는지 여부가 문제가 되었다.

그런데 과거 사업연도의 세무조사에서는 아무런 말이 없다가 후속 사업연도의 세무조사에서 과거 사업연도 분까지 문제를 삼았다. 과거 사업연도 분에 대한 조사가 적법한 중복조사인지 여부가 판결의 대상이 되었다.

세법은 중복 세무조사의 예외 사유로 '2개 이상 사업연도에 관하여 동일한 잘못이 있는 경우'를 규정하고 있다. 원심은 '매해 지급된 성과상여금은 성과상여금이 지급되는 각 연도의 주주총회와 이사회 결의에 따른 것인데, 주주총회와 이사회 결의가 각 연도별로 별도로 행해진 이상 이를 들어 하나의 원인행위에서 비롯하였다고 보기는 어렵다'라고 판단하였다.

반면 대법원은 '원고가 이사회의장이던 대주주에게 일련의 성과상여금을 지급한 것은 과거 특정 이사회가 매년 임대수입의 10% 이내에서 이사회의장에게 성과상여금을 지급하기로 결의한 데에 기초한 것이므로, 매해 지급된 과다상여금은 2개 이상 사업연도에 관하여 동일한 잘못이 있는 경우로 볼 여지가 있다'고 판단하였다.

다만, 대법원은 '원심으로서는 위와 같은 사정을 뒷받침할 만한 구체적 자료에 의하여 2차 세무조사를 개시한 것인지, 아니면 그와 무관하게 아무런 예외적 허용사유 없이 재조사를 개시하였다가 위와 같은 사실을 발견한 것인지를 나아가 심리한 후 제2차 세무조사가 위법한 것인지를 판단하였어야 했다'는 단서를 달았다.

대법원은 이러한 부분을 확인하여 판단하라는 취지로 원심의 판결을 파기하고 돌려보냈다. 그럼에도 환송 후 원심은 세무조사 개시 당시 그러한 자료가 있었는지 여부를 심리하지 않은 채 판결을 선고하였으므로, 대상 판결은 다시 원심 판결을 파기하고 사건을 되돌려 보낸 것이다.

대법원은 중복조사의 예외사유에는 해당하지만 세무조사의 개시시점에 이러한 예외사유를 뒷받침할만한 자료가 있어야만 중복조사가 가능하다는 점을 분명히 하였다. 이는 대법원이 과거 중복세무조사의 예외사유로서 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하려면 중복세무조사가 개시되기 전에 그 자료가 존재하였어야 하고, 재조사 과정에서 비로소 조세탈루 혐의를 인정할 만한 자료를 확보한 경우는 중복세무조사의 예외사유에 해당하지 않는다고 판결하였던 것과 같은 취지이다.

최근 법원은 절차적 적법성을 엄격하게 준수할 것을 요구하는 취지의 판결을 다수 선고하고 있다. 특히 중복세무조사의 경우 납세자의 권리를 침해하고 세무조사권 남용이 될 우려가 크기 때문에 더욱 엄격히 판단하고 있다. 대상판결은 중복세무조사의 한계를 다시 한 번 확인하여 납세자의 권리를 보호하고자 하였다는 점에 의의가 있다. 대법원2018.7.12.선고 2017두534 판결