과세관청이 화장품을 제조·판매하는 A법인의 직원 연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 인정하지 않고, 법인세를 경정·고지한 사건이 있어 눈길을 끌고 있습니다.

과세관청은 왜 이런 결정을 내렸을까요?

통상 국내 세법은 연구·인력개발비 세액공제 제도를 통해 상품이 개발되기까지 투입된 일정 비용을 세금으로 공제해 주고 있습니다.

중소기업들의 원활한 연구개발 활동을 돕기 위함인데요. 다만 제품디자인실과 같은 연구부서에 소속된 직원 인건비에 해당해야 합니다.

국내에서 골프의류를 자체 생산해 국내에서 판매수익을 거두고 있는 A법인.

A법인은 총괄 디자이너로 근무하고 있는 직원의 인건비를 조세특례제한법 상 R&D세액공제 대상으로 판단, 세액공제를 신청했습니다. 

하지만 국세청은 해당 직원이 디자인 업무 외에도 경영업무 전반에 관여한 것으로 판단, 해당 근로자의 세액공제를 인정하지 않은 채 곧바로 법인세를 경정·고지했는데요.

총괄 디자이너로 채용한 것이 맞는데도 이를 공제해 주지 않겠다는 통보에 화들짝 놀란 A법인은 결국  조세심판원의 문을 두드렸습니다.

A법인은 디자인 개발 업무를 수행했음에도 연구·인력개발비 세액공제혜택을 거부한 과세관청의 처분은 절차상 중대한 하자가 존재하므로 취소되어야 한다고 주장했습니다.

이어 A법인은 "해당 개발자가 팀장회의에 참석한 것은 디자인 팀장으로서 주요 현안 이슈를 직원들과 소통하기 위한 목적 이었다"고 강조했습니다.

하지만 과세당국은 "오로지 고유디자인 개발에만 전념해야 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 인정할 수 있다"면서 "해당 직원은 경영 전반에 참여하는 등 오로지 고유디자인 개발에만 전념한 것으로 보기 어렵다"고 반박했습니다.

조세심판원의 판단은 어땠을까요?

심판원은 해당 직원이 디자인 관련 부서뿐만 아니라 여러 부서의 신규직원 채용과 관련해 결재를 해 온 것으로 나타나는 등 해당 처분은 문제없다는 판단을 내렸습니다.

심판원은 결정문을 통해 "청구법인의 주례 팀장회의에 참석해 부서별 업무보고를 받고 있으며, 과거 상무이사 직위 당시에도 여러 팀의 업무를 총괄한 적이 있는 것으로 확인 된다"고 말했습니다.

심판원은 이어 "부사장의 직위로 이사회에서 법인의 경영업무 전반에 대해 의결 및 서명을 해 온 점 등에 비춰 과세관청이 연구·인력개발비 세액공제를 거부한 처분은 잘못이 없다"고 덧붙였습니다.

[참고 심판례 : 조심2017서4119]