농협이나 수협, 새마을금고 등 상호금융회사에 예치된 준조합원의 예탁금·출자금에 대한 비과세 혜택이 사라지면서 내년부터 정상 과세가 이루어진다.

이 조세특례 제도는 올해 말 일몰이 도래하는데, 낮은 농어민 소득수준 등을 감안해 '진짜 농어민'에 해당하는 조합원 예금의 비과세 혜택은 연장된다.

기획재정부는 30일 이 같은 내용의 '2018년 세법개정안'을 발표했다. 이 개편안은 입법예고 기간을 갖고 차관회의, 국무회의를 거친 뒤 오는 8월31일까지 국회에 제출된다.  

현재 조합원이 아닌 일반인도 소액의 출자금(1만원 내외)만 내면 준회원으로 비과세 예금에 가입해 3000만원(예탁금 기준, 출자금 1000만원)까지 이자소득세 14%를 면제받고 있다.

가입 대상에 대한 제한이 없다보니 중상위층 자산가들의 절세 수단으로 악용되고 있다는 지적이 끊이지 않았다. 농어민 지원이라는 당초 목적이 상당 부분 퇴색됐다는 것이다. 

개편안은 내년부터 준조합원 상호금융 예탁금의 소득을 5%로 분리 과세되도록 설계했다. 2020년부터는 9%의 분리과세가 적용된다. 기재부 관계자는 "준조합원 자격을 통한 고소득층의 과도한 세제혜택, 농어민·상호금융에 대한 중복적인 조세지원 등을 고려하면 비과세를 축소할 필요가 있다"고 밝혔다.

다만 낮은 농어민 소득수준이나 상호금융기고나 경영여건 등을 감안해 조합원의 예금은 비과세 혜택을 2021년까지 3년 더 연장된다.

1976년 도입된 비과세예탁금 제도는 조합 등의 원활한 자금조달을 지원하기 위한 목적으로 시행해왔다. 1995년부터 일정기간이 지나면 과세로 전환되는 일몰제로 바뀌었으나, 일몰이 도래할 때마다 연장을 거듭해 왔다.

지난 2015년 정부는 비과세 혜택 폐지 카드를 꺼내 들었으나, 농어민 피해를 우려한 정치권의 제동이 거세면서 정부 방침은 무산된 바 있다.

일각에서는 세제혜택 축소에 따른 예탁금 이탈로 조합 등의 재무구조가 상당한 타격을 받을 수 있다는 우려가 나온다.