신기술 관련 R&D(연구개발) 및 시설투자 세액공제 제도가 최근 기술발전 속도를 따라가지 못하고, 비현실적 공제요건으로 기업현실을 반영하지 못하고 있다는 주장이 제기됐다. 

홍성일 한국경제연구원 경제정책팀장은 지난 25일 서울 여의도 국회의원회관에서 열린 '기업납세환경개선 세제개편 토론회'에 참석해 'R&D 조세지원 문제점과 개선방향'이라는 보고서를 통해 이 같은 주장을 내놓았다. 

현재 신성장동력과 원천기술을 사업화하기 위해 공장을 짓거나 기계를 사는데 투자할 경우 대기업은 투자금의 5%를 세액공제해준다. 중견기업과 중소기업의 세액공제율은 각각 7%, 10%. 4차 산업혁명 시대를 맞아 신성장 산업을 육성하고 기업의 부진한 투자를 촉진하기 위한 대책이다. 

하지만 세액공제 대상 기술의 범위 등 공제 요건이 까다로워 기업들의 투자활력을 식게 만드는 요소로 작용하고 있다는 지적이다.

홍 팀장에 따르면 우선 미래형 자동차, 바이오·헬스, 로봇, 항공우주 등 11개 분야 157개 기술만 신성장 R&D 기술로 인정된다. 4차 산업혁명의 핵심기술로 거론되어도 법이 정한 신성장 R&D 기술에 해당되지 않으면 세액공제를 받지 못한다는 것이다.

특히 신성장 R&D 전담부서에만 공제혜택이 주어지는 점도 문제.

보통 연구 인력들은 신성장 R&D와 일반 R&D를 병행하는 경우가 많은 기업 현실을 전혀 반영하지 못하고 있다는 지적이 그동안 꾸준히 제기되어 왔다. 또 국내 기술이 취약하거나 원천기술이 해외에 있을 경우 국외 기관에 위탁할 수밖에 없지만, 현행법은 위탁연구기관을 국내로 한정하고 있다.

제조업 경쟁국은 기업하기 좋은 환경을 마련해주고 있지만 한국은 정반대다.

대표적으로 대기업 R&D비용의 공제율의 축소다.

해당 기업이 1년 동안 쓴 R&D 비용에 대해 세액공제를 받는 당기분 방식의 공제율 한도는 2013년 6%에서 2014년 4%, 2015년 3%, 올해는 2%까지 떨어졌다.

전년 대비 R&D 비용 증가액을 기준으로 두는 방식도 2013년엔 증가분의 40%를 세액공제 받을 수 있었으나 현재는 이 공제 비율이 25%로 낮춰졌다.

일본은 지난해 대기업의 R&D 투자에 대한 공제율을 10%에서 14%까지 올렸다. 중국은 R&D 범위를 확대하고 첨단기술·신기술기업에 대해 15%의 별도의 법인세율(일반 25%)을 적용하도록 했다.

홍 팀장은 이에 "신성장 R&D·시설투자 세액공제 제도의 요건을 완화할 필요가 있다"고 밝혔다.

우선 신성장 R&D 세액공제 대상이 되는 기술 범위에 대해선 네거티브 방식(예외적으로 제한하는 항목 열거)으로 도입을 검토하거나, 수시 공제대상 기술 편입을 허용해야 한다는 것이다. 현재는 포지티브 방식(허용되는 항목 열거)이다.

또 "신성장 R&D에 해당하는 연구개발을 하는 연구원들이 일반 연구개발 업무를 병행하고 있어 신성장 R&D에 대한 세액공제를 받지 못하는 현실"이라며 "전담부서가 아닌 신성장 프로젝트별로 R&D 공제를 추진해 병행 업무를 허용해야 한다"고 강조했다. 

여기에 국외 기관에 위탁할 수밖에 없는 연구에 한정하는 등으로 공제 대상에 해외기관을 포함해야 한다고 덧붙였다.

일반 R&D 세액공제 제도와 관련해선 "대기업 R&D 세액공제율을 회복시키고, 중소기업 공제율을 인상해야 한다"고 밝혔다. 대기업의 경우 증가분 방식의 공제율을 40%, 당기분 방식은 6% 한도까지 올려야 한다는 것이다.

기업납세환경개선 세제개편 토론회는 조세일보(www.joseilbo.com)와 한국세무학회, 한국납세자연합회, 재무인포럼, 한국조세정책학회, 글로벌조세정책연구회, 이종구 자유한국당 국회의원, 김관영 바른미래당 국회의원, 이언주 바른미래당 국회의원, 경제민주화정책포럼 '조화로운 사회' 등이 공동 주최했다.