이후 2013년 甲씨는 고충민원을 신청하게 되는데요. 과세관청은 甲씨가 당초 신고한 양도소득세를 감액 경정하고, 甲씨가 당초 신고한 농어촌특별세를 증액 경정할 예정이었습니다.

이 사례는 개인이 양도소득세와 농어촌특별세를 신고‧납부한 후 과세관청이 양도소득세 감면을 추가로 인정해 양도소득세를 감액, 농어촌특별세는 증액 경정한 경우인데요.

甲씨는 당초 양도소득세로 기납부한 세액을 농어촌특별세의 납부불성실가산세를 계산할 때 기납부한 세액으로 볼 수 있는지의 여부를 기획재정부에 물었습니다.

기획재정부는 甲씨의 사례처럼 양도소득세는 일부 환급되고 농어촌특별세는 추가고지 됐을 때, 양도소득세 환급세액은 농어촌특별세의 납부불성실가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것이라는 답변을 내놨습니다.

어떤 이유에서일까요.

농어촌특별세는 양도소득세의 감면세액을 과세표준으로 하는 양도소득세의 부가세(surtax)인데요.

본세와 부가세의 관계는 일반적인 세목(稅目) 간의 관계와 달리 본세의 납부세액에 따라 부가세의 납부세액이 달라진다는 것이죠.

결론은 이렇습니다.

해당 농어촌특별세 추징세액과 양도소득세 환급세액은 불가분의 관계라는 것이죠. 이에 부가세의 납부불성실가산세를 계산할 때 본세의 환급세액은 부가세의 추징세액과 상계한다는 설명입니다.

[관련 법령]
국세기본법 제14조(실질과세)
국세기본법 제47조의4(납부불성실‧환급불성실가산세)
국세기본법 제51조(국세환급금의 충당과 환급)
국세기본법 제52조(국세환급가산금)
농어촌특별세법 제2조(정의)
농어촌특별세법 제3조(납세의무자)
농어촌특별세법 제7조(신고‧납부 등)
농어촌특별세법 제8조(부과‧징수)

자료 제공 : 기획재정부