A사는 OO시와 BTO 방식으로 경전철 사업시설을 건설, 준공과 동시에 기부채납 했습니다.

이때 해당시설의 관리운영권을 무상으로 취득하는 실시협약을 체결하게 되는데요. 

BTO란 민간이 건설 후 소유권은 정부나 지자체로 양도한 채 일정기간동안 민간이 직접 운영해 사용자 이용료로 수익을 추구하는 민간투자 사업을 말합니다. << 이 부분은 박스로 해서 처리 부탁드려요.

A사는 경전철 사업시설을 준공한 후 기부채납하고 철도차량 매입세액을 면세사업과 관련된 불공제 매입세액으로 신고했습니다. 

현재 국가나 지자체 또는 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사에 직접 공급하는 도시철도건설용역은 부가가치세 영세율(면제)이 적용됩니다.

이 사실을 인지한 A사는 해당 기부채납 거래가 세법에서 규정한 '도시철도건설용역'에 해당하는 것으로 판단, 철도차량 관련 매입세액에 대해 경정청구 했으나, 과세관청은 경정청구를 거부하게 되는데요.

A사는 '사업시행자가 철도차량을 포함한 도시철도사업시설 일체를 건설해 지자체에 기부채납한 거래가 영세율이 적용되는지의 여부를 기획재정부에 질의했습니다. 

기획재정부는 A사가 도시철도사업시설을 기부채납하고 시설관리운영권을 취득한 거래는 영세율 적용이 되지 않는다고 답했는데요.

이유를 들어보겠습니다.

국가와 지자체가 직접 건설하는 도시철도의 경우 운영 단계에서 부가가치세 면세가 적용되어 도시철도 건설 관련 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 없다고 합니다.

이에 반해, '사회기반시설에 대한 민간투자법'상 BTO 방식의 민간투자를 통해 건설되는 도시철도의 경우 기부채납 시 면세하고 있다는 것이죠.

다시 말해, 도시철도 건설용역 영세율 규정을 적용하는 경우, 사회기반시설사업 관련 운영 주체 간 과세형평성 문제가 발생할 수 있으므로 영세율 적용이 배제된다는 것입니다. 

[관련 법령]
조세특례제한법 제105조(부가가치세 영세율 적용) (2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)
조세특례제한법 제105조(부가가치세 영세율 적용) (2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것)
사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조(정의)
사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조(민간투자사업의 추진방식)

자료 제공 : 기획재정부