법인은 각 사업연도의 소득에 대해 지방소득세를 납부해야 한다.

과거 지방소득세는 법인세에 부가되는 세금으로 법인세의 10%에 해당하는 금액을 지방소득세로 납부해야 했지만, 현재 지방소득세는 법인세와는 별도의 세목으로 지방세법에 따라 지방소득세를 계산하여야 한다.

법인 지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세 과세표준으로 하고, 지방소득세의 세율은 과세표준에 따라 1%~2.5%의 누진세율을 적용한다. 그리고 지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하고 있다.

이러한 지방소득세 과세와 관련하여 간접외국납부세액공제 여부가 논란이 되고 있다.

간접외국납부세액이란 내국법인이 외국자회사에 투자하여 배당을 받을 때 외국자회사가 외국정부에 납부한 법인세를 말한다.

외국자회사로부터 받은 배당에 대해 다시 한국에서 과세하면 하나의 소득에 대해 외국과 한국에서 이중으로 과세된다. 이러한 국제적 이중과세를 막기 위해 한국에서 법인세를 납부할 때 외국정부에서 납부한 법인세를 공제하는 방식으로 이중과세를 조정해 준다. 이를 간접외국납부세액 공제라 한다. 

그러나 간접외국납부세액공제를 하기 위해서는 일단 그 금액이 소득에 산입되어 법인세가 계산되어야 한다. 이 때문에 외국법인에 납부한 법인세는 원래 소득이 아니지만 법인세법에서는 익금으로 의제하고 있다(법인세법 제15조 제2항 제2호).

예를 들어보자. 외국자회사가 100의 소득을 얻어 20의 세금을 내고 80을 한국법인에게 배당하였을 경우 한국법인이 실제로 얻은 소득은 원래 80에 불과하다. 그러나 간접외국납부세액의 세액공제를 위해 외국정부에 납부한 법인세 20을 소득금액에 산입하여 한국법인의 소득을 100으로 증가시키고(이 금액이 과세표준이 된다) 여기에 한국의 세율(20%가정)을 적용하면 20의 법인세가 산출되고, 여기에 간접외국납부세액 20을 세액공제 해 주면 납부할 세액이 없게 되고 비로소 이중과세조정이 이루어진다.

즉, 외국정부에 납부한 법인세 20의 금액은 한국법인 입장에서 실제로 소득은 아니지만, 세액공제를 받기 위해 기술적으로 소득에 산입한 후 세액공제를 적용하게 되는 것이다.

문제는 지방소득세이다. 앞서 살펴본 것과 같이 지방소득세 과세표준은 법인세법상 과세표준을 그대로 준용하고 있어 지방소득세 과세표준도 100(실제 소득 80 + 간접외국납부세액 익금산입 20)이 된다.

100의 과세표준에 대해 지방소득세율 1%를 적용하면 지방소득세는 1이 된다. 100의 과세표준 중 80은 법인의 실제 소득이므로 이에 대해 지방소득세 0.8을 부과하는 것은 이해된다.

하지만 실제소득이 아닌 20(간접외국납부세액)은 세액공제를 적용받기 위해 기술적으로 소득에 산입된 것이므로 이 금액이 지방소득세 과세표준에 산입될 경우 반드시 지방소득세 세액공제가 같이 이루어져야 한다.

그러나 지방소득세특례제한법에서는 법인세법과 달리 간접외국납부세액에 대한 세액공제 규정을 두고 있지 않다. 그 결과 소득이 아닌 금액(20)에 대해서도 지방소득세(0.2)가 과세되고 있는 것이다.

이와 같은 지방소득세 과세는 문제가 없는 것일까?

소득에 해당하지 않는 금액을 세액공제를 위해 기술적으로 소득에 편입시켰음에도 불구하고 과세만 하고 세액공제를 해 주지 않는 것은 분명 문제가 있다.

특히 법인세법에서는 세액공제를 인정하고 있고, 개인의 경우 배당소득 계산시 간접외국납부세액을 가산하지 않고 있기 때문에 다른 법률과의 관계에서도 형평성 문제가 있다. 따라서 간접외국납부세액에 대한 지방소득세 과세는 위헌성 논란이 제기될 가능성이 있어 보인다.