대주주에 대한 주식 양도소득세 누진세율이 올해부터 증가한(과표 3억원 초과 20%→25%) 가운데, 주식 양도차익 과세대상인 대주주의 범위 또한 오는 2021년까지 단계적으로 확대된다.

기획재정부는 7일 이 같은 내용을 포함한 17개 세법의 시행령 개정안을 발표, 오는 29일까지 부처협의·입법예고를 마무리하고 이후 차관회의·국무회의 의결을 거쳐 시행할 예정이다.

개인 투자자들은 코스피, 코스닥, 코넥스에 상장된 주식을 팔아 발생한 매매차익에 대해 세금부담이 없지만 한 종목을 일정수준 이상 보유한 세법상 '대주주'라면 매매차익에 대해 양도소득세를 내야 한다.

시행령에 따르면 유가증권시장의 경우 오는 4월부터 '지분율 1% 또는 종목별보유액 15억원 이상'이면 대주주에 포함된다. 2020년 4월부터는 '지분율 1% 또는 종목별보유액 10억원 이상, 2021년 4월부터는 '지분율 1% 또는 종목별보유액 3억원 이상'이면 세법상 대주주가 된다.

코스닥시장의 경우 올해 4월부터 '지분율 2% 또는 종목별보유액 15억원 이상'이면 대주주에 해당된다. 2020년 4월부터는 '지분율 2% 또는 종목별보유액 10억원 이상, 2021년 4월부터는 '지분율 2% 또는 종목별보유액 3억원 이상'일 경우 대주주에 포함된다.

코넥스시장은 '지분율 4% 또는 종목별보유액 10억원 이상'인 현행 기준이 한동안 유지되지만, 역시 2021년 4월부터는 '지분율 4% 또는 종목별 보유액 3억원 이상' 기준이 적용된다.

비상장주식의 대주주 범위도 2021년 4월부터 '지분율 4% 또는 종목별보유액 3억원 이상'으로 확대된다. 올해 4월부터는 '지분율 4% 또는 종목별보유액 15억원 이상', 2020년 4월부터는 '지분율 4% 또는 종목별보유액 10억원 이상' 기준이 적용된다.

아울러 협회장외시장(K-OTC : 금융투자협회가 운영하는 비상장 주식시장)을 통한 소액주주의 중소·중견기업 주식 양도소득 비과세 제도가 올해부터 도입되는 가운데 정부는 시행령을 통해 소액주주, 중소·중견기업의 범위를 명확히 규정했다.     

소액주주는 대주주 범위에 해당하지 않는 자로, 2021년 3월까지 '지분율 4% 또는 종목별보유액 10억원 이상', 2021년 4월부터 '지분율 4% 또는 종목별보유액 3억원 이상'인 대주주를 제외하곤 모두 비과세 대상이 된다.

또 양도소득이 비과세되는 중소기업은 '중소기업기본법'에 따른 중소기업, 중견기업은 '조세특례제한법 시행령 제10조 제1항'에 따른 중견기업으로 규정됐다.

한편 국내 비거주자 및 외국법인의 상장주식에 대한 양도소득 과세는 확대된다.

정부는 지난해 세법개정을 통해 비거주자 및 외국법인의 국내 상장주식 장내 거래에 대한 과세 대상 대주주 범위를 지분율 25%에서 5% 이상으로 낮췄다.

국내 상장주식을 5% 이상 보유한 비거주자·외국법인이 이를 장내매매 했을 경우 소득세·법인세 과세대상이 되는 것. 이 같은 내용의 개정법은 오는 7월1일 양도분부터 적용될 예정이다.

이와 함께 정부는 지난해 세법개정을 통해 국외 양도소득 대상에서 해외 파생상품을 삭제하고 국내외 파생상품 양도손익을 합산해 기본공제 금액이 적용되도록 개정한 가운데, 과세대상에 해당하는 파생상품의 범위를 이번 시행령에 담았다.

개정 시행령에 따르면 국내·외 손익이 합산되는 파생상품 과세대상은 ▲코스피200선물·옵션(미니 포함)코스피200 ▲주식워런트증권(ELW) ▲해외 장내 파생상품이다.

파생상품 양도차익 계산시 필요경비로 인정되는 범위는 파생상품 거래를 위해 직접 지출한 비용으로, 구체적인 비용내역은 시행규칙에서 규정될 예정이다.

파생상품 양도소득세율은 2018년 4월1일 이후 양도하는 분부터 탄력세율 10%(종전 5%, 기본세율은 20% 유지)가 적용된다.