앞으로 소속 근로자의 임금을 올려주는 중소기업에 세제지원혜택이 더 돌아간다. 또 비정규직 근로자를 정규직으로 전환했을 때, 전환된 인원에 일정액의 법인세를 깎아주는 혜택도 연장된다.

29일 국회 기획재정위원회 조세소위원회(이하 조세소위)에 따르면 지난 28일 조세소위 소속 여야 의원들은 이 같은 내용 등을 담은 '조세특례제한법 일부개정안(정부안)' 통과시키자는데 잠정합의했다.  

정부는 대기업과 중소기업의 임금격차를 해소하고자 세제지원책인 '근로소득 증대세제'를 2014년 만들었다. 이 제도는 상시근로자수가 줄지 않은 기업이 '직전 3년 임금증가율의 평균을 초과'해 임금을 증가시킨 경우 초과 임금증가분의 10%(중소·중견기업, 대기업 5%)를 세액공제해주는 제도다.

올해 말 일몰이 도래하는 이 제도를 두고 조세소위 논의 과정에서 '중소기업 근로자의 임금수준이 낮다는 점을 고려, 중소기업에 보다 많은 세액공제를 제공해야 한다'는 의견이 많았다.

개정안에 따라 중소기업의 경우 감면규정의 세액공제율이 10%에서 20%로 올라가고, 적용기한도 2020년까지 3년 더 연장된다.

또한 비정규직을 정규직으로 전환한 기업에 대한 세제지원의 적용대상을 '2016년 6월 30일 현재 고용된 비정규직'에서 '2017년 6월 30일 현재 고용된 비정규직'으로 바뀐다. 중소기업에 대한 공제금액을 1인당 700만원에서 1000만원으로 올리고 조세특례 기한도 내년 말까지 연장된다. 기획재정부에 따르면 2016년 현재 비정규직은 644만4000명으로, 임금근로자 1962만7000명 중 32.8%에 해당하는 규모다. 

기업소득환류세제가 사라지고 이를 보완한 투자·상상협력촉진세제가 생긴다.

고용, 임금증가 및 상생협력출연금 항목에 대한 환류 가중치를 확대되고, 토지 및 배당은 환류대상 항목에서 제외된다. 임금증가분 중 근로소득 7000만원 이상 근로자의 임금증가분은 제외된다.

기업의 유보금이 배당이나 토지투자보다는 직접적인 투자, 고용, 상생협력에 쓰일 수 있도록 설계됐다는 평가다.

중소기업 특별세액감면 제도의 적용기한도 2020년까지 3년 더 연장된다.

다른 제도와 중복 적용을 받을 수 있다. 감면한도는 1억원으로 설정하고, 고용인원이 줄었을 때 1인당 500만원씩 한도가 줄어든다. 이 제도는 46개의 감면 대상 업종을 영위하는 중소기업에 대해 법인세(소득세) 중 일부를 세액감면해주는 제도다.

대기업과 중견기업의 생산성향상시설에 대한 투자세액공제가 줄어든다. 대기업은 현 3%의 세액공제율을 1%로, 중견기업은 5%에서 3%로 축소된다. 이 조세특례 적용기한은 2019년까지 2년 더 연장된다.

일각에서는 중견기업과 대기업이 이 제도를 활용해 투자를 늘리는 경향이 나타나고 있는 상황에서 투자세액공제율을 인하했을 때 이들 기업의 투자 위축이 일어날 수 있다는 우려도 있다.