본사를 수도권 밖으로 이전한 기업에 대해 법인세를 감면해 주는 조세특례 기한이 연장된다. 또한, 수도권 밖으로 공장을 이전했을 때 양도에 따른 차익에 대해 5년 간 분할익금 산입할 수 있는 특례기한도 늘어난다.

28일 국회 기획재정위원회 조세소위원회(이하 조세소위)에 따르면 조세소위 소속 여야 의원들은 이 같은 내용 등을 담은 '조세특례제한법 일부개정안(정부안)' 통과시키자는데 잠정합의했다.  

현재 지방이전 법인 등에 대한 법인세 특례규정 기한을 연장하는 내용의 세법개정안은 넓게 4가지로 나누어진다.

우선 수도권 밖으로 공장을 옮긴 중소기업에 대한 법인세를 깎아주는 제도다. 이 제도는 1976년 만들어졌는데, 이전한 이후 공장에서 발생하는 소득에 대한 소득·법인세를 7년 간 100%, 3년 간 50% 세액 감면해주고 있다.

또 법인의 본사를 수도권 밖으로 이전했을 때 본사의 대지나 건물 양도차익에 대해 '5년 거치 5년 간 분할익금 산입할 수는 특례가 있다. 공장을 수도권 밖으로 이전한 회사에 대해서도 똑같은 특례조항이 적용된다. 여기에 수도권 밖으로 공장을 이전하는 10년 이상 사업을 한 중소기업을 대상으로 양도차익을 2년 거치 후 3년 분할익금 산입할 수 있는 제도도 있다.

개정안에 따라 이 조세특례제도의 기한이 2020년까지 3년 더 연장된다. 이 같은 조치로 3년 간 15억5100만원의 세수 감소가 발생할 것으로 보인다.

중소기업창업투자회사, 신기술사업금융업자 등이 주식을 양도했을 때 차익을 비과세해주는 조세특례 기한도 2020년까지 3년 더 연장된다. 이 제도는 1984년 만들어져 창업·벤처기업 투자 활성화 차원에서  일몰이 도래할 때 마다 연장을 거듭하고 있다.

또 정비사업추진위원회 승인이나 정비사업조합 설립인가가 취소된 경우에 채권의 손금산입의 적용기한도 2020년까지 연장된다. 올해 말 일몰이 도래하는 이 제도의 적용기한이 연장되지 않아 그간 채권의 손금산입을 인정받지 못하면 시공자 등이 조합을 상대로 소송을 제기하는 분쟁이 계속될 우려가 있다는 목소리가 컸다.