세액을 산정하는데 있어 부동산 기준시가는 중요한 잣대이지만 국세와 지방세에 적용되는 기준시가가 제각각인 것으로 나타났다.

23일 국회예산정책처가 발표한 '2016회계연도 결산위원회별 분석자료'에 따르면 국세청은 대형집단상가 등 기준시가를 산정하는데 13억5000만원의 예산을 편성했으며 이 중 13억2900만원을 집행했다.

국세청은 대형집단상가나 오피스텔 등 비주거용 토지와 건물의 가격을 평가해 양도소득세나 상속·증여세의 과세 기준으로 활용하고 있다.

현재 부동산 가격공시제도는 매년 정부에서 토지와 주택 등 부동산에 대한 적정가격을 공시하는 것으로 주택 가격공시제도는 국토교통부가 비주거용 공시제도는 국세청과 행정안전부가 운영하고 있다.

이에 정부는 비주거용 부동산 가격공시제도를 일원화하기 위해 '부동산 가격공시에 관한 법률'을 개정해 지난해 9월부터 시행됐지만 여전히 분산 운영되고 있는 것으로 나타났다.

행안부와 국세청은 비주거용 부동산 기준시가의 기준을 각각 달리 적용하고 있었다. 

예를 들어 면적이 넓은 A상가의 경우 국세청에서 평가한 기준시가는 2억1700만원으로 지방세 시가표준액인 5억9320만원보다 낮지만 면적이 좁은 B상가의 경우 국세청 기준시가가 1억8500만원으로 행안부 시가표준액보다 1억1400만원 높다.

이는 행안부의 시가표준액이 층별 부동산 가치를 반영하지 못하고 면적에 비례해 적용되기 때문.

이에 예정처는 "동일한 건물에 대해 기관별로 별도의 산정기준을 통해 과세표준으로 활용하는 것은 세부담의 형평성 측면에서 바람직하지 않다"며 "평가에 소요되는 인력 및 재정 낭비로 이어질 가능성이 있어 국세청이 수행하는 기준시가 산정 사업은 국토부로 이관해야 한다"고 지적했다.