하지만 과세이연 혜택을 받으려면 자산에 대한 '사업권'까지 넘겨야 한다는 단서가 달려있었기 때문에 기업들이 구조조정에 애를 먹고 있었다. 정부는 이에 현물출자 때 사업권을 넘기지 않아도 사업을 계승한 것으로 보고 과세이연 혜택을 주기로 했다.

정부는 2일 이 같은 내용을 포함한 2017년 세법개정안을 발표, 관련 법률개정안(국세기본법등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 오는 9월1일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.

현재 자산 양도차익에 대한 과세이연을 적용받으려면 적격현물출자 요건을 갖춰야 한다. 출자법인이 5년 이상 사업을 계속하거나, 출자법인이 피출자법인 지분을 80% 이상 보유하고 현물출자일의 사업연도 종료일까지 계속 보유하는 등에 한해서다.

그런데 출자법인이 피출자법인에 특허권을 현물출자할 때 '사업부문'까지 넘겨야 하는 부담이 있어 원활한 기업 구조조정의 발목을 잡고 있다는 지적이 제기되어 왔다. 

가령 삼성이 특허를 관리하는 자회사를 만들고 싶은데, 특허권만 넘기고 회사를 설립했을 때 양도차익에 대한 세제혜택을 받을 수 없다는 소리다. 

정부는 이에 적격현물출자 요건 중 '독립된 사업부문 요건'을 폐지했다.

또 '피출자법인이 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속해야 한다'는 요건을 '피출자법인은 출자법인이 출자 자산으로 영위하던 사업을 사연연도 종료일까지 계속할 것'으로 고쳤다. 내년 1월1일 이후 현물출자 하는 분부터 적용된다.

적격물적분할의 경우에도 적격인적분할과 마찬가지로 감면·세액공제를 승계할 수 있는 규정을 새로 만들었다.

또 사업재편계획에 따라 채권금융기관에 금융채무 상환을 위해 자산을 양도한 기업의 경우 양도차익을 4년 거치 후 3년 간 분할 과세하게 되는데, 채권자의 범위를 채권금융기관에서 '금융채권자(연기금, 공제회 등 포함)'로 고쳤다.

지난해 3월 제정된 기업구조조정 촉진법에 따라 도입된 것으로, 기존의 채권금융기관보다 넓은 개념이다.

주식의 포괄적 교환·이전 시 양도차익에 대한 과세이연 혜택을 주던 '완전모회사가 완전자회사 주식 양도 시'의 요건을 없애고, 자산의 포괄적 양도 시 피인수법인의 자산 양도차익에 대한 과세이연 특례를 삭제했다.