정부는 2일 이 같은 내용을 포함한 2017년 세법개정안을 발표, 관련 법률개정안(국세기본법 등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 오는 9월1일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.

현행법은 세금계산서 발행을 기피하거나 가공(위장) 또는 다른 사람의 이름으로 세금계산서를 발행한 경우 공급가액의 2%를 각각 가산세로 부과하고 있으며, 두 가산세의 중복 적용도 허용하고 있다.

하지만 개정안은 위장가산세와 미발급가산세가 하나의 거래인 경우 중복 적용을 배제한다는 내용을 담았다.

가령 A가 B에게 재화나 용역을 공급하면서 세금계산서는 C에게 끊어준 경우, 이는 전체적으로 볼 때 하나의 거래로 볼 수 있고 중복으로 가산세를 부과해 제재할 실익도 적기 때문에 가산세를 각각 적용하지 않겠다는 의미다.

정부 관계자는 "이 내용은 기재부 예규에도 이미 반영되어 있는데, 잘 알려지지 않아 명확히 하자는 의미에서 이번 개정안에 담기게 됐다"고 설명했다. 

한편 정부는 매입자발행세금계산서 발행 허용사유를 확대한다고 밝혔다.

현행법이 매입자발행세금계산서 발행을 허용하는 경우는 매출자가 세금계산서를 발행하지 않는 경우가 유일하다. 정부는 여기에 부도나 폐업 등으로 매출자가 수정세금계산서 발행이 어려운 경우에도 매입자발행세금계산서 발행을 허용키로 했다.

공급시기 전에 발행하는 세금계산서, 이른바 '선발행 세금계산서' 허용사유도 확대된다.

현행법은 대가를 먼저 받고 세금계산서를 발급하는 경우 선발행을 허용하고 있는데, 정부는 대가를 먼저 받고 공급시기가 되기 전의 다른 과세기간에 세금계산서를 발급하는 경우도 선발행 허용사유로 포함시켰다.

아울러 세금계산서 발급 후 동일 과세 기간 이내에 대가를 받는 경우도 허용사유로 추가됐다. 단 조기환급을 받기 위해서는 30일 이내에 대가를 지급받아야 한다. 또 다른 허용사유인 세금계산서 발급 후 7~30일 이내에 대가를 받은 경우는 현행대로 유지된다.

이 밖에 수정수입세금계산서 발급사유도 확대된다.

정부는 세관장이 결정·경정 또는 결정·경정할 것을 미리 알고 수입자가 수정신고를 하는 경우 수정수입계산서발급을 허용하고 있다. 단 현행법은 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 귀책사유가 없음을 증명할 경우에만 발급이 가능도록 규정하고 있다.

하지만 개정안이 국회를 통과하면 관세법상 벌칙(과태료는 제외)사유에 해당하는 경우와 수입자의 고의·중과실이 있는 경우를 제외하곤 발급이 모두 허용된다.

수정수입세금계산서 발급에 대한 가산세(1%) 부과사유도 신설된다.

개정안엔 세관장이 가산세를 결정·경정한 경우, 결정·경정할 것을 미리알고 수입자가 수정신고하는 경우 등이 가산세 부과 사유에 포함됐다. 수정수입세금계산서 발급은 수입신고 후 5년 이내 또는 결정·경정이 있은 날로부터 1년 이내에 신청하면 된다.