영세한 음식점업자들을 지원하기 위한 농수산물 의제매입세액공제율이 일부 인상, 해당 사업자들의 세부담이 감소될 것으로 전망된다.

정부는 2일 이 같은 내용을 포함한 2017년 세법개정안을 발표, 관련 법률개정안(국세기본법 등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 오는 9월1일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.

농수산물 의제매입세액공제는 부가가치세 과세업자가 농수산물을 매입한 경우 매입세액이 있는 것으로 간주해 매입액의 일정율을 공제해 주는 제도를 말한다.

다만 실제 부담한 부가가치세는 미미함에도 과도하게 매입세액을 공제받는 문제점을 해소하기 위해 2014년부터 공제한도(매출액의 30~60%)를 도입해 운영하고 있다.

현재 매출액(연간 기준) 2억원 이하인 음식업자(개인사업자)는 공제한도가 60%, 2억원~4억원인 음식업자는 55%, 4억원 초과는 45%로 농수산물 의제매입세액공제의 공제한도가 차등 적용되고 있다.

공제율의 경우 개인 음식점의 경우 8/108, 법인 음식점은 6/106, 과세유흥장소·제조업(개인, 중소기업)은 4/104, 기타 2/102 등이 각각 적용되고 있는데, 정부는 개인 음식점업자 중 연매출 4억원 이하인 자의 공제율을 9/109로 상향하는 내용을 이번 개정안에 담았다.

단 공제율이 상향되더라도 2018년~2019년까지 2년 간 한시적으로 운영될 예정이다.

정부는 개정안이 국회를 통과할 경우 약 32만2000만명의 영세한 개인 음식점업자에게 연간 약 780억원의 세제지원 효과가 있을 것으로 추정했다. 사업자당 연평균 24만원 가량의 부가가치세가 감소하는 효과가 발생하는 셈이다.