정부는 2일 이 같은 내용을 포함한 2017년 세법개정안을 발표, 관련 법률개정안(국세기본법 등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 오는 9월1일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.

현행법에 따르면 전자세금계산서 발급의무자 및 수입금액 10억원 이상 개인사업자는 전자계산서를 의무적으로 발급해야 한다.

전자세금계산서 발급의무자는 2015년 7월1일 거래분부터, 수입금액 10억원 이상 개인사업자는 2016년 1월1일 거래분부터 적용되어 왔다.

여기서 전자세금계산서 발급의무자는 모든 법인과 직전연도 사업장별 과세 공급자액 합계액이 3억원 이상인 개인을 말한다. 즉 개인의 경우 과세 공급가액으로만 발급의무 대상여부를 가릴 뿐 면세수입금액은 발급의무와 관련이 없다는 이야기다.

정부는 이에 면세수입금액까지 포함해 전자세금계산서 의무발급대상으로 규정하는 내용을 이번 개정안에 담았다.

개정안에 따르면 오는 2019년 1월1일 이후부터 모든 법인, 그리고 직전연도 사업장별 과세 공급가액과 면세수입금액의 합계액이 3억원 이상 개인은 전자세금계산서를 의무적으로 발급해야 한다.

부가가치세 면세수입금액만 3억원 이상인 개인사업자도 전자세금계산서 의무발급대상이 되는 셈이다. 정부 관계자는 "부가가치세 면세 거래의 투명성 제고와 납세협력비용 절감을 위해 부가가치세 과세 거래에 적용되는 전자세금계산서 의무발급제도 수준으로 전자계산서 발급을 의무화 하는 것"이라고 밝혔다.

이와 함께 정부는 전자계산서 발급 즉시 국세청에 전송하도록 해 소급발급 관행 등 '변칙거래'를 사전에 차단할 수 있으며 종이계산서 작성에 따른 납세협력비용도 감축할 수 있다고 설명했다.

한편 정부는 가공거래에 대한 제재를 강화하기 위해 가공세금계산서에 대한 가산세율 인상을 추진한다.

구체적으로 내년부터 현행 가공세금계산서 가산세율 2%를 3%로 올리고, 사실과 다른 세금계산서에 대한 가산세율도 1%에서 2%로 각각 상향하는 내용을 이번 개정안에 담았다.

위장세금계산서 가산세율은 현행 2%로 유지된다.