정부가 일정 규모 이상 주식을 보유한 대주주들에게 세부담을 더 지운다.

그동안 주식양도차익 과세 대상인 대주주들에 대해 단일세율(20%)을 매겨왔으나, 앞으론 과세표준에 따라 누진세율을 적용한다.

정부는 2일 이 같은 내용을 포함한 2017년 세법개정안을 발표, 관련 법률개정안(국세기본법 등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 오는 9월1일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.

현재 주식 양도차익은 대주주만 과세 대상이다.

한 종목당 지분을 1% 이상 갖고 있거나 보유주식 가치가 25억원(유가증권시장 기준)을 이상일 경우 대주주로 분류해 주식 양도차익에 20% 단일세율을 매기고 있다.

그러나 정부는 '부자증세' 차원에서 주식 양도차익에 대한 증세 카드를 꺼내들었다.

특히 근로소득·사업소득·부동산 양도소득 중 누진세율(현 최고 40%)을 적용하는 다른 소득과의 형평성 측면도 감안한 것으로 분석되고 있다. 

정부는 이에 양도차익 과세표준이 3억원을 넘지 않았을 땐 20%, 이를 초과했을 땐 25%로 누진세율을 적용한다는 계획이다.

가령 양도소득 과세표준이 10억원인 대주주의 경우 현재 양도소득세로 2억원을 납부해야 하나, 내년 이후 양도분부터는 2억3500만원을 내야 한다. 대주주라해도 양도소득 과세표준이 3억원만 넘지 않는다면 세부담은 현재와 같다.

유가증권시장 상장법인의 경우 현재는 지분율 1% 이상이거나 종목별 보유액 25억원을 넘으면 과세하고 있으며(코스닥 지분율 2%·보유액 20억원, 코넥스 지분율 4%·보유액 10억원, 비상장 지분율 4%·보유액 25억원) 내년 4월부터는 유가증권시장 기준 보유액 기준이 15억원, 2020년 4월부터는 10억원, 2021년 4월부터는 3억원 등 단계적으로 낮아진다. 

2021년 4월 이후 사실상 전면적인 주식 양도차익 과세가 이루어진다는 이야기다. 

또 국세청이 대주주의 주식 양도에 따른 거래내역을 꼼꼼히 들여다본다. 대주주가 주식을 양도할 때 파생상품, 협회장외시장를 통한 주식 장외매매 등 금융기관의 거래내역을 국세청에 제출해야 하는데, 정부는 여기에 '국세청장이 요청하는 상장법인 대주주의 상장주식' 거래내역도 포함시켰다.