정부가 올해 일몰 도래하는 '중소기업 특별세액감면제도' 적용기한을 연장하고 제도의 내용 또한 손질했다. 고용·연구개발(R&D)을 많이 하는 기업이 더 많은 세금혜택을 받을 수 있도록 관련 제도를 재설계했다.

정부는 2일 이 같은 내용을 포함한 2017년 세법개정안을 발표, 관련 법률개정안(국세기본법 등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 오는 9월1일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.

중소기업 특별세액감면은 중소기업에 부과된 소득세 또는 법인세를 기업 규모와 지역, 업종에 따라 '그냥' 깎아주는(감면율 5~30%) 제도로, 올해 말 적용 종료가 예정되어 있다. 

그러나 많은 중소기업들이 받고 있는 이 조세특례가 사라질 경우 중소기업 세부담이 크게 늘어날 수 있기 때문에 정부는 제도의 재연장을 택했다. 실제 국회 예산정책처에 따르면 이 제도에 따른 감면액은 2015년 기준 1조6090억원이었으며, 올해는 2조원에 육박할 것으로 관측되고 있다. 

정부는 현행 감면 기준(대상·감면율)을 손보지 않고, 일자리 창출 기조에 맞춰 제도를 부분적으로 개편했다. 

우선 세금을 감면받을 수 있는 한도를 최대 1억원으로 정했다. 특별세액감면은 모든 중소기업에 일률적으로 적용되는 점을 감안해서다. 다만 고용인원이 줄었을 경우 감소한 인원 1명당 500만원씩 한도를 깎기 때문에 세금혜택을 온전히 받기 위해서는 고용을 유지해야 한다.

정부 관계자는 이와 관련해 "감면한도 1억원 설정시 전체 중소기업의 0.1%수준인 900여개 중소기업에 대한 세액감면 혜택이 줄어들 것"이라고 설명했다.

고용증대세제, 사회보험료 세액공제 등 유사한 제도와 중복해서 적용할 수도 있다. 그동안 중복 적용은 허용하지 않았다. 

이와 함께 중소기업의 신성장동력·원천기술 R&D 지출비용에 대한 세액공제율을 현행 30%에서 40%(30%+최대 10%{(신성장동력R&D비용/매출액X3})로 상향 조정할 계획이다(중소기업 신성장동력·원천기술 R&D비용 세액공제). 

기재부 관계자는 "중소기업의 경쟁력 강화를 위해 고용·R&D를 많이 하는 기업에게 지원이 확대되도록 중소기업 지원세제를 개편했다"고 밝혔다.