수도권에서 공장시설을 갖추면서 사업을 했던 A법인. 2009년 3월 수도권 밖으로 공장시설 전부를 이전하게 되는데요.

수도권 밖으로 이전한 중소기업에 대해 세액감면 혜택(발생소득의 법인세 7년간 100%, 이후 3년간 50% 감면)을 주기에 2009년부터 2011년까지 사업연도에 대한 법인세를 신고할 때 이를 적용해서 신고하게 됩니다.

A법인은 지방이전으로 공장을 이전한 뒤에 매출액이 1000억원을 넘게 됩니다. 희소식이 아닐 수도 있는 게 A법인의 매출액이 늘어나면서 유예기간인 2011년 사업연도까지만 중소기업으로 인정받고, 2012년 사업연도부터는 중소기업에서 제외될 처지에 놓이게 됩니다.

A법인은 중소기업이 공장시설 이전 후에 중소기업에 해당하지 않았을 때, 중소기업 유예기간 경과 후에도 잔존기간에 대한 세액감면을 계속 적용받을 수 있는지의 여부가 궁금했습니다.

기획재정부는 수도권 밖으로 이전한 중소기업이 소득에 대해 세금을 감면 받은 이후, 기어의 규모가 커지면서 중소기업에 해당하지 않더라도 계속해서 감면을 적용받을 수 있다고 판단했습니다.

이 같은 해석을 내린 데는 세금혜택을 받기 위해 공장이나 본사를 이전했을 당시에 중소기업일 것을 요건으로 하고 있으나, 이전 후에도 중소기업을 유지해야만 감면을 적용한다는 규정이 없기 때문인데요.

기재부는 조세법률주의의 원칙상 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석한다고 합니다. 이에 합리적 이유 없이 확장‧유추 해석하는 것은 허용되지 않기에 잔존기간동안 감면이 적용된다는 것이죠. 

다만, 지난해 말 조세특례제한법을 개정하면서 감면을 적용받은 기업이 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 감면적용을 중단하는 규정이 신설됐습니다. 이는 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 않을 때에 한해서입니다.

[관련 법령]
조세특례제한법(2008년 12월 26일, 법률 제9272호로 일부개정된 것) 제63조(수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면)
조세특례제한법 시행령(2008년 2월 22일, 대통령령 제20620호로 일부개정된 것) 제2조(중소기업의 범위)

자료제공 : 기획재정부