기존 지주회사가 국내 회사를 자회사로 새로 편입해 과점주주가 된 때에도 간주취득세가 면제된다는 대법원 판결이 나왔다. 하급심에서는 면제불가 판정을 받았었다.

대법원은 최근 "공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입해 과점주주가 된 경우에도 간주취득세가 면제된다"고 판결했다.

공정거래법상의 지주회사 제도는 기존의 순환출자방식의 기업지배구조가 경제적 정의에 반할 뿐만 아니라 우리 경제구조 자체를 매우 취약하게 만든다는 비판적 고려에서 도입됐다.

이러한 취지에 따라 정부는 지주회사 체제로의 지배구조 개선을 유도하기 위해서 순환출자구조에 있는 기업 집단에 불이익을 부여함과 동시에 지주회사에 여러 해택을 부여하는 정책을 펴왔다.

한편, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 감면조항도 지주회사 제도로의 지배구조 개선을 위해 지주회사가 자회사의 주식을 일정비율(50%) 이상 취득함에 따라 발생하게 되는 간주취득세 부담을 덜어주도록 규정하고 있다.

이번 대법원 판결에서는 공정거래법에 따라서 설립 또는 전환된 지주회사가 국내 회사를 자회사로 새로 편입해 그 국내 회사의 과점주주가 되는 경우에도 조세특례제한법상의 감면조항에 따라 간주취득세가 면제되는지 여부가 쟁점이었다.

하급심은 이미 설립 또는 전환되어 있는 지주회사가 추가로 자회사를 편입해 그 회사의 과점주주가 되는 경우에는 조특법상의 감면조항이 적용되지 아니하므로 지주회사에 대한 간주취득세 과세처분이 적법하다고 판단했다.

그러나 대법원의 판단은 달랐다. 

대법원은 "조특법상의 감면조항과 지주회사의 설립과 전환에 대해 세제혜택을 부여하려는 입법취지 등을 종합하면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입해 그 회사의 과점주주가 된 경우에도, 이 사건 감면조항 전단에서 정하고 있는'지주회사가 된 경우'에 해당한다"고 판시했다. 

대법원의 이러한 입장은 지극히 타당한 것으로 보인다.

우선 이 사건 감면조항 전단의 문언 내용은 최초로 지주회사가 되면서 과점주주가 되는 경우뿐만 아니라, 기존의 지주회사가 자회사를 추가로 편입해 과점주주가 되는 경우에도 적용된다고 해석될 수 있기 때문이다.

나아가 그 입법취지가 맨 처음 자회사를 편입하는 경우에만 간주취득세 면제라는 과세특례를 부여한 것으로 한정적으로 보기에는 자연스럽지 않다.

따라서 조특법상 감면조항에 대해 이번 대법원 판결처럼 해석하는 것이 타당하다고 생각한다.

이번 대법원 판결은 그동안 조특법상 감면조항의 전단에 관한 과세청과 납세의무자 간의 치열한 해석 다툼에 종지부를 찍음으로써 하급심에 계속 중이거나 불복 단계에 있는 다수의 관련 사건들이 자연스럽게 해결됐다는 데 큰 의미가 있다.

또 추가로 자회사를 편입해 과점주주가 되려는 기존 지주회사의 경영전략 확정 과정에서 세금 등 비용에 대해 정확하게 예측할 수 있게 됐다는 측면에서도 상당한 의미가 있는 것으로 보인다. [대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두59713 판결]