◆…나성동 국세청사 전경

2000억원이나 들인 차세대 국세행정시스템(NTIS)의 오류로 양도소득세 신고검증대상에서 무려 6700여건이 무더기로 누락됐다.

감사원은 지난해 10월부터 12월까지 국세청의 양도소득 과세실태에 대한 예비감사와 실지감사 결과를 8일 발표, 국세청이 기존의 전산 시스템을 NTIS로 개편하는 과정에서 양도세 무신고자를 추출해 과세자료를 생성하는 시스템에 오류가 발생했다고 밝혔다.

현재 국세청은 대법원으로부터 부동산 등기부 자료를 매일 전송받아 양도세 무신고자를 추출해 과세하는 등 세원관리에 활용하고 있다. 국세청은 등기자료 내용에 따라 양도세 과세대상인 '개인양도등기'와 상속과 증여 등 타 세목 과세대상인 '기타등기'로 1차 구분한다.

이후 개인양도등기로 분류된 사항을 다시 법인, 부동산 건설·매매업자, 개인으로 구분하고 이를 다시 구분해 거주자 또는 비거주자로 나눠 신고검증대상자를 분류한다. 분류과정에서 기타등기가 부여되면 양도세 신고검증대상이 아닌 것으로 판단된다.

문제는 국세청 NTIS가 개통했던 2015년 귀속 등기자료 593만건을 검토한 결과 개인이 양도한 것을 기타등기로 잘못 분류한 사례가 3796건이나 됐던 것이다.

감사원에 따르면 국세청은 지난 2015년 2월 NTIS를 개통하면서 일선 세무서가 '일괄수정' 기능을 이용해 등기자료를 1차 보완했지만 프로그램 오류로 반영되지 않아 2766건이 기타등기로 잘못 분류됐다.

등기자료의 등기원인코드가 'ZZZZ'인 경우에는 일선 세무서가 맞는 코드번호를 입력해야 하는데 프로그램 오류로 인해 개인양도등기로 표시돼야 할 'ZZZZ'로 표시된 등기자료 1030건이 기타등기로 분류됐다.

또한 법인과 부동산 건설·매매업자가 포함된 등기자료에 대한 오류도 발생한 것으로 드러났다.

기존 국세행정시스템에서 등기자료 보완을 마감하고 NTIS 시스템에서 등기자료를 분류하던 중 양도물건을 법인과 개인 또는 부동산 건설·매매업자와 개인이 공동소유하다 양도한 건에 대해선 양도소득세 신고검증이 완료된 것으로 되어버렸다.

이런 이유들로 양도세 신고검증대상에서 누락된 건수는 6688건이나 됐다.

감사원은 국세청에 누락된 건수에 대해 양도세 과세표준 및 세액을 결정하고 앞으로 이런 일이 발생하지 않도록 신고검증시스템을 개선하라고 주문했다.