정부가 고용을 늘린 기업에 법인세를 깎아주는 이른바 '일자리 세제지원책'을 계속 유지할지 여부를 놓고 심층평가에 들어간다. 이 평가결과에 따라 올해 세법개정안에 해당 제도들이 '축소 내지 폐지'되는 방향으로 담기게될 전망이다.

또한 중소기업 특별세액감면, 농림어업용 기자재 부가가치세 영세율 적용 등 조세지원 규모가 큰 제도에 대한 손질 작업도 한다.

기획재정부는 지난해 12월 '조세특례 성과평가 자문위원회'를 통해 '조세특례 예비타당성 조사·조세특례 심층평가' 대상인 조세특례제도 10건을 확정했다고 25일 밝혔다.

기재부에 따르면 현재 조세특례제도를 신설하거나 변경했을 때 연간 감면액이 300억원이 넘으면 조세특례 예비타당성 조사를 실시해야 하고, 일몰이 도래한 조세특례(연 조세지출액 300억원 이상) 중 제도의 운영성과 등을 분석하는 조세특례 심층평가를 실시하고 있다.

우선 조세특례 심층평가 대상은 올해 말 일몰이 도래하는 조세특례제도 51개 가운데서 8개다.

눈에 띄는 부분은 일자리 관련 세제지원책. 정부는 국정운영의 중심을 일자리에 두고 세제지원을 아끼지 않겠다는 입장을 보이고 있으나, 이런 세제혜택에도 불구 기업들은 고용창출에 소극적인 움직임을 보이고 있다. 

일자리는 늘린 기업에 법인세를 깎아주는 고용창출투자세액공제(연 감면액 8752억원), 청년고용증대세제(473억원)의 제도가 제대로 작동하는지를 평가하고 성과가 없을 땐 제도가 정비될 것으로 보인다.

조세지출액이 1조원이 넘는 제도로는 중소기업특별세액감면(1조7828억원), 농림어업용 기자재 부가가치세 영세율(1조5070억원) 제도가 수술대에 올랐다.

또 법인의 공장 등을 수도권 밖으로 이전 시 법인세 등 감면(4038억원), 생산성향상 시설투자 등 세액공제(2966억원), 조합법인에 대한 법인세 과세특례(2157억원), 수도권 과밀 억제권역 밖 이전 중소기업 세액감면(481억원) 등의 제도가 심층평가 대상이다.

조세특례 예타 대상에 오른 제도는 '중소기업이 지출한 특허비용 세액공제(25%, 826억원)', '국가귀속 고속철도시설에 대한 VAT 영세율 적용(321억원)' 등 2개 제도다.  

기재부 관계자는 "일몰이 없거나 장기간 운영되고 있는 조세특례 제도나 조세특례 효율화를 위한 제도 개선이 필요할 때 임의심층평가 대상으로 선정해 운영성과를 평가할 예정"이라고 밝혔다.